Еще в ходе войны встал вопрос о новой реорганизации службы Генерального штаба. Генерал Ф. Ф. Палицын предложил превратить Генеральный штаб в независимый от Военного министерства орган, подчиненный только Государю. 25 июня 1905 г. приказом по Военному ведомству было создано Главное управление Генерального штаба (ГУГШ), задачей которого было стратегическое планирование и разработка общих вопросов обороны Империи. В ГУГШ была передана и вся генерал-квартирмейстерская часть. Отделение ГУГШ от Военного министерства значительно разгружало работу военного министра, но при этом возникала опасная раздвоенность ведомства, которое теперь имело как бы «две головы»: в лице военного министра и начальника ГУГШ генерала от инфантерии Ф. Ф. Палицына. Будущий военный министр генерал от кавалерии В. А. Сухомлинов самым негативным образом оценивал эту реформу. Уже в эмиграции он писал: «Именно тогда, 8 (21) июня 1905 года, Царь подписал свой смертный приговор. Именно теперь, после цареубийства в Екатеринбурге в доме Ипатьева, я могу утверждать это без риска быть обвиненным в преувеличении. <…> С 1905 года армия имела две головы, долженствовавшие превратиться в полюсы, между которыми неминуемо должны были возникать на петербургской почве интриги политического и личного характера»{190}. Несмотря на то, что генерал В. А. Сухомлинов отрицал «преувеличенный» характер этого своего утверждения, оно им, несомненно, являлось. Тем не менее не вызывает сомнений, что Великий Князь Николай Николаевич и генерал Ф. Ф. Палицын не сумели справиться с поставленными задачами, а сама идея «двуглавости» военного ведомства была ошибочной. Государь это окончательно осознал к 1908 г. 26 июля 1908 г. он уволил Великого Князя Николая Николаевича с должности председателя СГО, а генерала Палицына с должности начальника ГУГШ. Вскоре был упразднен и сам СГО. 4 ноября 1908 г. Николай II сказал генералу Редигеру, что он «убедился в неправильности устройства министерства»{191}. Таким образом, писал А. Ф. Редигер, «единство Военного министерства было восстановлено». Признавая неправильность раздвоения Военного ведомства, Николай II говорил генералу от кавалерии В. А. Сухомлинову, которого назначил начальником Генерального штаба: «Вышло так, что все перепуталось. Я прошу Вас принять должность Начальника Генерального штаба, нам надо распутаться»{192}. 10 марта 1909 г. Государь отправил в отставку с поста военного министра генерала А. Ф. Редигера, а новым министром назначил генерала Сухомлинова, который стал объектом самой яростной кампании со стороны либералов из Думы и их союзников в военных и правительственных кругах. Они жалели отставку Редигера, которого считали прогрессивным человеком и профессиональным военным. Между тем причина отставки Редигера заключалась в его связях с одним из главных врагов Государя – А. И. Гучковым. Являясь в 1907–1910 гг. председателем думской комиссии по государственной обороне, Гучков смог войти в тесный контакт со многими генералами и офицерами, некоторые из которых занимали высокие должности в военном руководстве. В конце 1916 г. Охранное отделение составило приблизительный список военных, с которыми Гучков поддерживал не только, или не столько, деловые, но и политические контакты. Среди них имя генерала от инфантерии А. Ф. Редигера значилось одним из первых{193}. В своих воспоминаниях А. Ф. Редигер не скрывал, что Гучков получал по его приказу секретные сведения государственной важности: «Я дал общее указание по всем частям Министерства: членам Государственного Совета и Думы давать все несекретные сведения, о которых они будут просить. ‹…› Если нужны были секретные сведения, то они давались Гучкову или двум-трём делегатам комиссии, которые затем удостоверяли перед комиссией, что полученные ими объяснения их вполне убедили»{194}.