При Николае II получила мировое признание русская научная медицина, которая не могла бы развиваться без государственной поддержки. В эпоху Императора Николая II впервые были удостоены Нобелевской премии русские ученые: физиолог И. П. Павлов (1904 г.) и микробиолог И. И. Мечников (1908 г.). Русские ученые впервые в мире описали клиническую картину тромбоза венечных артерий сердца, применили противодифтерийную сыворотку, разработали нозологическое направление в психиатрии. Кроме того, русские ученые провели новаторские исследования структуры мозга, стояли у истоков таких областей медицины, как судебная психиатрия, гинекология и гигиена, были основоположниками электрофизиологии и электрокардиографии. В начале ХХ в. в России выходило свыше 150 общих и специализированных научных медицинских журналов.
Однако Русско-японская война и особенно революционная смута 1905–1907 гг. замедлили темпы реформы здравоохранения. 11 августа 1908 г. Император Николай II писал на полях доклада министра внутренних дел:
В 1910 г. было созвано Особое совещание из чинов министерства внутренних дел под председательством сенатора Крыжановского, а в 1912 г. образована утвержденная Государем Междуведомственная комиссия для пересмотра врачебно-санитарного законодательства. В обязанности комиссии входило: 1) пересмотр врачебно-санитарного законодательства и 2) выработка предложений об устройстве врачебно-санитарных учреждений.
17 марта 1912 г. на особом Журнале Совета министров по вопросу об учреждении Междуведомственной комиссии для пересмотра врачебно-санитарного законодательства Император Николай II написал: «