Основное внимание всех исследователей, изучавших работу угличской следственной группы, было приковано к В. И. Шуйскому… В то же время второе лицо комиссии, ее «ответственный секретарь», говоря современным языком, А. Луп-Клешнин, остался в исторической тени. А зря! Андрей Петрович, ранее бывший особо доверенным лицом Ивана Грозного, был еще воспитателем («дядькой») царевича Федора. Будучи активным сторонником и сподвижником Годунова, он выполнял ряд ответственных поручений правителя. Загадочна судьба его после угличских событий. Богатейший вельможа, влиятельнейший сановник в 1591 году (после участия в следствии) неожиданно принял постриг в отдаленном Пафнутиев-Боровском монастыре и превратился не просто в инока, а в схимонаха (т. е. находящегося в монастыре в безвыходном затворе) Левкия, принял ряд особых суровых обетов, надел вериги. Что случилось с Луп-Клешниным? Стремился ли он скрыться за монастырскими суровыми стенами? От кого? Томило ли его раскаяние? В связи с чем? Сплошные вопросы… Сцена встречи Годунова и Левкия в кремлевских палатах в 1605 году, описанная в трагедии «Царь Борис» А. К. Толстого, на самом деле, в соответствии с монастырской хроникой, состоялась в Пафнутиев-Боровском монастыре, куда тайно приехал для встречи царь. О чем он просил? Тайна сия велика есть. Существует предположение, что Клешнин скрыл в монастыре ряд документов комиссии, свидетельствовавших о сути происшедшего. Однако эти документы были уничтожены еще в 1610 году: Лжедмитрий II взял тогда обитель штурмом и сжег ее [23].
А. С. Пушкин вложил в уста Годунова и схимонаха такие слова:
Борис:
… Дай мне ответ по правде: в Углич тыНа розыск тот посылан с Шуйским был,Дай мне ответ — и царствием небеснымМне поклянись: убит иль нет Димитрий?Клешнин:
Убит ли? Дивлюся я тебе.Или мою не разглядел ты схиму?Так посмотри же на мое лицо!Зачем же я постился столько лет?Зачем бы я носил вериги эти?Зачем живой зарылся б в землю я,Когда б убит он не был?Ну а если бы царевич не был убит, каков бы он был на российском троне? Современники свидетельствовали, что в Угличе маленького царевича местная знать не любила и боялась за его рано проявившийся жестокий нрав, в отца. Так, в «Московской хронике» немецкого наемника Конрада Буссова мы читаем: