Тем временем воевода киевлян Путята с пятьюстами воинами ночью тихо, в тайне, переправился через Волхов выше города и затем вошел в него. Лидеры сопротивления той же ночью были захвачены и тут же переправлены к Добрыне, их дальнейшая судьба неизвестна, Ночью же новгородцам удалось окружить отряд Путяты, и между ними началась «жестокая сеча». В тот же день была подожжена церковь Преображения Господня и разорены дома местных христиан, — как видно, это было сделано лишь в самые последние часы сопротивления; новгородская веротерпимость и уважение «к чужим богам» держались до последнего часа.
На рассвете на помощь Путяте переправилось многочисленное воинство Добрыни. По его приказу начали поджигать все подряд дома горожан. Люди бросились тушить огонь, сопротивление было сломлено. Вскоре оставшиеся в живых «мужи новгородские» пришли к Добрыне просить мира. Далее в летописи говорится:
Этот рассказ Иоакимовской летописи, в истинности которой у исследователей все же были сомнения, сравнительно недавно подтвержден археологическими находками: в слоях X века обнаружены следы сильнейших пожаров и установлена их дата — 989 год. Обнаружены разрушенные дома на Софийской стороне, где тогда жили христиане, найдены в этих домах и клады монет, видимо в спешке зарытые владельцами, и другие вещественные доказательства правдивости этого рассказа.
Первым новгородским епископом стал грек Иоаким Корсунянин, вывезенный Владимиром среди других священников из взятой им в 987 году крымской Корсуни (Херсонеса). Но еще очень долго христианство не приживалось в Северной Руси. «Повесть временных лет» содержит подробные рассказы о борьбе киевских князей-наместников с волхвами в Ростове и других землях. О том, как это было в Новгороде, в правление Глеба Святославича, читаем под 1071 годом.