Когда провирус активизировался, начинается процесс считывания (транскрипции) вирусного генома. Процесс транскрипции лжепрограммы-провируса протекает в тысячу раз быстрее, чем у нормальных клеточных генов. Затем на вирусных РНК быстро синтезируется огромное количество вирусных белков. Одно из коварств вируса состоит в том, что он не просто налаживает синтез собственных белков, но еще и влияет на работу генов клетки-хозяина. В результате меняется нормальный спектр белков в клетке: формируются белки, которые способствуют развитию вируса, а сама клетка при этом остается на «голодном пайке». Так вирус привлекает все резервы клетки для решения своих эгоистичных задач. На мембране инфицированной клетки из поступающих туда вирусных РНК и белков начинают собираться новые вирусные частицы. По мере созревания эти частицы «отпочковываются» от клетки, а образовавшиеся «зрелые» вирусы инфицируют новые клетки. Сборка вирусных частиц и выход нового потомства вируса из инфицированной клетки — исключительно важный этап развития заболевания.
Отличительной чертой ВИЧ является взрывной характер процессов активации транскрипции, синтеза белков-предшественников, сборки вирионов и их почкования: за сутки в одном лимфоците может образоваться до тысячи вирусных частиц, а всего в организме ежедневно возникает по крайней мере 1010 новых вирионов (взрослых инфекционных вирусов).
Чем больше становится вирусов, тем большее число С4-лимфоцитов поражается и погибает. Время полужизни таких лимфоцитов составляет всего 1,6 дней (т. е. за такой срок погибает половина инфицированных клеток). Организму приходится все больше и больше сил тратить на борьбу с инфекцией. Это напоминает затяжную позиционную войну, когда противники стараются измотать друг друга. В возникающем противостоянии больше шансов у вируса. У каждого организма есть свои ресурсы и свой потенциал, но они не бесконечны. Через некоторое время организм исчерпывает ресурсы, и вирус встречает все меньше и меньше сопротивления. Число Т-хелперов — ключевых клеток иммунной системы — уменьшается настолько сильно, что вся иммунная система перестает практически работать. Ситуация эта в целом сходна с той, которая возникает при заражении «вирусом» компьютера. Маленькая лжепрограмма способна довольно быстро полностью испортить всю огромную информацию, содержащуюся в мощном компьютере.
Обычно после того, как иммунная система избавляется от какого-нибудь чужеродного агента (антигена), она возвращается в состояние относительного покоя. Однако при ВИЧ-инфекции иммунная система может переходить в хронически активированное состояние, она начинает работать и работать без отдыха. Такое необычное состояние приводит к многочисленным отрицательным последствиям. B активированных CD4-лимфоцитах размножение ВИЧ происходит более активно. Таким образом, вирус, активируя иммунную систему, не только не уничтожается ею, а, наоборот, начинает чувствовать себя в этой ситуации даже более вольготно. Вот уж поистине, quod cibus est aliis, aliis est atrum venerum (что для одних пища, то для других сильный яд). Хроническая активация иммунной системы во время заболевания ВИЧ в конечном итоге приводит к «усталости» B-лимфоцитов больного, что нарушает способность этих клеток к синтезу антител против других возбудителей. Наконец, длительная безудержная работа иммунной системы может также приводить к апоптозу и повышенной продукции цитокинов, что не только усиливает размножение ВИЧ, но и вызывает неправильную регуляцию в сложной системе тесно взаимосвязанных иммунных клеток. B результате защитная система полностью дезорганизуется. Все это вместе с массовой гибелью С4-клеток, вызываемой ВИЧ, резко снижает у организма возможность в принципе противостоять внешним и внутренним инфекциям.