Постройка самолетов велась медленнее, чем планировалось в силу сложной конструкции фюзеляжа, слишком комплексной для советского авиапрома того периода. Много времени уходило на изготовление крыла. Панели обшивки длиной 2м крепились сваркой. Технологический процесс сварки отработан не был, а неопытные контроллеры ОТК не всегда оказывались в состоянии найти огрехи. Проблемы возникли также с изготовление силовых конструкции из хром-молибденовой стали ЗОХМА. Проблемы заводов помогали решать специальные бригады, которые направило для помощи производственникам ОКБ. В 1937 г. ГАЗ-39 изготовил всего 33 ДБ-3, а ГАЗ-18 и того меньше - 12 самолетов.
Как уже отмечалось, двигатели М-85 строил завод в Запорожье. Здесь тоже возникли проблемы. Качество ряда важных элементов двигателя не позволяло устанавливать их на двигатели, в результате пришлось импортировать некоторые узлы и агрегаты моторов из Франции. Так на моторы ставили импортные магнето Vortex ROD-14BA, карбюраторы Stomrberg NAR-125G, свечи зажигания BG3RK.
Самолеты ДБ-3С выпуска 1937 г. получились на 280 кг тяжелее предсерийных ДБ-3С. Рост массы был вызван внесенными в конструкцию изменениями. Между тем ВВС проводило работу по подготовке аэродромов базирования ДБ-3, удлиняя взлетно-посадочные полосы до 1000 м - минимальная длина полосы, с которой мог взлететь ДБ-3 с полной нагрузкой.
ДБ-3Б
Двигатель М-86 представлял собой усовершенствованный вариант мотора М-85, появился он в начале 1938 г. Новый мотор на взлетном режиме развивал мощность 950 л.с., на 150 л.с. больше М-85. При массе 609 кг М-86 весил всего на 9 кг больше своего предшественника. В отличие от М-85, потреблявшего бензин с октановым числом 87, двигателю М-86 требовался более качественный продукт - бензин с октановым числом 90-92.
На бомбардировщике ДБ-3Б стояло два двигателя М-86. Изначально двигатели оснащали металлическими трехлопастными винтами В-85 фиксированного шага диаметром 3,4 м. Затем винты В-85 заменили металлическими трехлопастными винтами изменяемого шага ВИШ-3 диаметром 3,25 м. Коки винтов ВИШ-3 были несколько больше по размерам коков винтов В-85.
Бомбардировщик мог комплектоваться в зависимости от калибра подвешиваемых бомб держателями ДЕР-19. ДЕР-21 или ДЕР-31, калибр используемых авиабомб - от 8 до 1000 кг. Бомбы сбрасывались посредством механизма ЕСБР-2, установленного в кабине штурмана. Результаты удара фиксировались аэрофотоаппаратом АФА-Б, оптическая ось камеры устанавливалась вертикально, под углами 15 или 25 град объективом назад. На ДБ-2С и ДБ-3Б стояли новые оптические бомбардировочные прицелы ОБП-2, прицел ОБП-2 спроектирован на основе германского устройства Goerz.
Самолеты ДБ-3Б использовались также в качестве дальних разведчиков, в этом случае в бомбоотсеке монтировались аэрофотоаппараты АФА-33, был предусмотрен обогрев фотокамеры при действиях зимой на больших высотах. АВА-33 имел дистанционное управление, спусковая кнопка стояла в кабине штурмана.
Оборонительное вооружение включало три пулемета ШКАС. Один стоял на носовой турели ТУР-8. боекомплект 500 патронов. Сектор обстрела пулемета по горизонту +/- 50 град, по углу места - от -60 до + 90 град. .Кормовая турель МВ-3 с одним пулеметом имела круговой обстрел, боекомплект этого ШКАСа состоял из 1000 патронов. Люковая пулеметная установка с боекомплектом 500 патронов обладала сектором обстрела по горизонту +/-25 град.
Комплект пилотажно-навигационных приборов включал авиагоризонт АГ-1 и гирокомпас ГМК-2. Дальнюю радиосвязь обеспечивала приемо-передающая радиостанция РСБ «Двина», связь между самолетами поддерживалась с помощью радиостанции УКВ диапазона РСВС-1, связь между членами экипажа - через СПУ-З. Предусматривалась установка радиокомпаса РПК-2, рамочная антенна которого монтировалась под нижней частью фюзеляжа. РПК-2 представлял собой советский вариант американского радиокомпаса фирмы Бендикс. РПК-2 ставились не на все ДБ-3. Часть самолетов оснащалась двухканальным автопилотом АГП-1.
Первые ДБ-3 не красились вообще. Опознавательные знаки, красные пятиконечные звезды с узкой черной окантовкой, наносились на верхние и нижние поверхности обоих плоскостей крыла, на обе стороны вертикальною оперения и фюзеляжа.