Ил-6 отличался также крылом новой конструкции с увеличенной стреловидностью по передней кромке и почти прямой задней кромкой. Воздухозаборник радиатора были сделаны в носке крыла справа и слева от мотогондолы, радиатор устанавливался в толще крыла. Управляемая выхлопная створка радиатора располагалась на нижней поверхности плоскости крыла.
Усиливающих полос-накладок, установленных в хвостовой части фюзеляжа Ил-4, на Ил-6 не было. Вместо двух небольших окон в кормовой части фюзеляжа сделали один иллюминатор овальной формы. Форма ниш основных опор шасси изменена, блистеров на створках нет. Устранен поручень на левом борту фюзеляжа. Изменена форма руля направления, в верхней части сделан скос, который позволил отказаться от весового балансира.
Размах крыла Ил-6 - 26,07 м. на 4,63 м больше, чем у Ил-4, длина 17.38 м, на 2,6 м больше, чем у Ил-4. Масса пустого Ил-6 составляла 11 690 кг, максимальная взлетная масса - 18 650 кг.
Экипаж Ил-6 состоял из шести человек: штурмана, первого и второго пилотов, радиста и двух воздушных стрелков. Летчики размещались в кабине плечом к плечу. Общая масса бронезащиты составляла 400 кг.
Оборонительное вооружение включало пять пушек ШВАК калибра 20 м, все на одинарных установках. Одна пушка стояла в носу у штурмана, две - по бортам, одна в верхней башенной установке и одна - в нижней люковой. Максимальная бомбовая нагрузка составляла 2000 кг, четыре пятисотки самолет мог нести внутри бомбоотсека. На внешних пилонах предусматривалась подвеска двух торпед или двух 1000-кг бомб.
Прототип Ил-6 был изготовлен опытным производством иркутского завода № 39. Самолет подготовили к испытаниям летом 1943 г. Первый полет выполнил 7 августа 1943 г. Владимир Коккинакн. Испытания показали, что мощность двигателей АЧ-30Б для такой машины недостаточна. Пришлось облегчать самолет путем снятия вооружения и бронезащиты, сокращения экипаж до пяти человек. Верх прототипа был окрашен в средне-зеленый цвет, низ - в черный.
Заводские испытания прототипа затянулись на восемь месяцев, в ходе испытаний было выявлено много дефектов. Основные проблемы доставляла ненадежная работа дизелей АЧ-30Б. Кроме того, летчики отмечали плохую управляемость самолета, особенно на посадке. В апреле - мае 1944 г. самолет проходил испытания в ЛИИ на аэродроме Кратово. Специалисты ЛИИ рекомендовали для улучшения управляемости сместить центр тяжести, изменить форму и увеличить площадь элеронов.
Летом 1944 г. прототип был переоснащен дизелями АЧ-30БФ, развивавшими на высоте 6000 м мощность 1900 л.с. Надежность дизеля АЧ-ЗОБФ была повышена за счет установки двухстепенной системы зажигания, на первой стадии использовался авиационный бензин, на второй - керосин. Установка более мощных двигателей позволила вернуть на самолет вооружение и броню.
С новыми двигателями прототип Ил-6 в ходе заводских испытаний летом 1944 г. показал максимальную скорость 464 км/ч. Дальность полета на крейсерской скорости 340 км/ч с бомбовой нагрузкой в 1000 кг составила 5450 км. Практический потолок составлял 6200 м. Высокая удельная нагрузка на крыло затрудняла выполнение посадки, а из-за высокой посадочной скорости для Ил-6 требовались аэродромы с длинными ВПП.
Самолет с новыми дизелями вновь направили для проведения испытаний в ЛИИ. Здесь специалисты отметили очень низкую приемистость дизеля АЧ-30БФ и сложность его обслуживания в полевых условиях. К этому времени все стала ясно крайняя затянутость программы Ил-6 - к окончанию войны с Германией самолет не успевал. Ил-6 стал последним бомбардировщиком с поршневыми двигателями, спроектированным в ОКБ С.В. Ильюшина. За эрой аэропланов поршневых наступала эра аэропланов реактивных.