Начавшиеся испытательные полеты первых серийных экземпляров выявили их скрытые недостатки, в основном связанные с двигателем АМ-38. Прежде всего проявилось дросселирование двигателя, вызванное запаздыванием открытия заслонки на автомате отвечавшем за поступление воздуха в карбюратор, в результате чего количества воздуха не хватало для сгорания топлива в цилиндрах, а это в свою очередь приводило в остановке двигателя. Этот недостаток был настолько серьезен, что было лаже приостановлено производство до момента изобретения «устройства», которое обеспечило безаварийную работу заслонки. Сначала было изготовлено несколько таких механизмов, а после их испытаний они были запушены в серийное производство. После этого выявился новый недостаток, который состоял в заливании почти всего фюзеляжа самолета большим количеством вспененного масла во время полета с максимальной скоростью. Ввиду того, что этот изъян не влиял на функционирование самолета, его производство не останавливали, этот недостаток — хотя только в определенной мере — исправили несколько позднее. Завод постепенно набирал обороты, иллюстрацией чего может служить количество изготовленных самолетов: в апреле — 15, в мае — 74 и 159 шт. за двадцать два дня нюня. Всего до начала войны было изготовлено 249 Ил-2.
Эти первые серийные штурмовики в значительной степени отличались от своих прототипов. Основной причиной этого был как различный подход к изготовлению опытной машины для демонстрации и испытаний и серийного самолета для боевых частей, так и проблемы с массовым изготовлением штампованных бронекорпусов. Основным недостатком было худшее качество обработки поверхности и окраски, что вызывало падение скорости на 30–40 км/час. Ситуация, однако, не была такой тяжелой как в случае с истребителем ЛаГГ-3 (который относительно своего прототипа потерял более 50 км/ час скорости, да к тому же строился на фабриках мебели или таких где до этого производили У-2, в следствии чего часть собранных самолетов вообще не была пригодна к эксплуатации), но постоянно ухудшалась. Первые серии Ил-2 в 1941 г. отличались друг от друга в основном различными типами остекления задней части кабины, что было результатом использования различной брони — стальной или броневого стекла.
Самым тяжелым временем для ОКБ Ильюшина была августовская эвакуация из Москвы завода № 24. на котором изготавливались двигатели АМ-38. Это поставило Ильюшина в необычайно трудную ситуацию, единственным разумным выходом из которой была установка новой, находящейся пол рукой двигательной установки. Выбор пал на звездообразный двигатель М-82 мощностью 1675 кВт при 2500 об/мин и массе 870 кг изготавливавшийся на уральском заводе. На одном из серийных Ил-2 первых серии (лета 1941 г.) была отрезана передняя часть бронекорпуса. не доходя до центроплана. В освободившемся месте установили двигатель, его агрегаты и раму, которая выдвигала его несколько вперед, что было необходимо для сохранения центровки самолета. Пространство между двигателем и оставшимся бронированием закрыли не броневыми, а обычными листами металлической обшивки. Из того же материала выполнили и капот двигателя, который мало того что был не бронированным, но и крепился только к самому двигателю, и совершенно не был связан с остальной конструкцией фюзеляжа. Сам капот состоял из отдельных крышек-сегментов, его съемные части крепились на замках. Форма капота была максимально аэродинамичной, так что в профилях образующих его не было ни одной прямой линии, сужающимся к его передней части. В комплекте с двигателем был использован новый винт АВ-5В-160 того же диаметра как и предыдущие винты семейства ВИШ, т. е. 3,4 м, со специальным коком. Естественно, что в результате установки нового двигателя была модифицирована охлаждающая система, а радиаторы охлаждающей жидкости в фюзеляже упразднены.