Однако св. Кириллу не хватало терминов, которые могли бы совершенно отклонить подозрения в аполлинаризме и сделать его учение приемлемым для всей Церкви. Его порывистый ум не обладал той спокойной ясностью, с которой за пятьдесят лет до того великие каппадокийцы освободили от словесной путаницы противоарианскую полемику и сформулировали никейскую веру в выражениях, приемлемых для большей части восточного епископата. Будучи верен богословской системе св. Афанасия (использованные св. Кириллом аполлинарианские формулы приписывались св. Афанасию), александрийский епископ не сумел или не захотел применить к христологии каппадокийские определения jusis, ousia и upostasis. Этот шаг предстояло сделать Халкидонскому Собору, существенной заслугой которого является изложение учения св. Кирилла на богословски точном и понятном для антиохийских богословов языке.
Такая определенность была необходима в силу того, что на Ефесском соборе споры велись в исключительных условиях, и соборные решения, носившие полемический характер, лишь утверждали православие св. Кирилла, оставляя при этом без ответа реальные вопросы, поставленные антиохийской христологией. В переписке со св. Кириллом Несторий отказался признать, что Слово, будучи Богом, могло «быть рожденным» от Девы и умереть на кресте. Тем не менее, он согласился с тем, что Христос–Бог, соделавшийся человеком, был рожден и пострадал во плоти. Учение Нестория было изначально двусмысленным, потому что оно безусловно предполагало наличие двух субъектов — Христа и Слова. Очевидно, в терминологии Нестория подразумевалось, что все, что может быть сказано о Слове, вне зависимости от Его Воплощения, непременно относится к Самой Божественной природе. По мнению Нестория, такие выражения, как «Слово, умершее на кресте» или «рожденное от Марии», умаляли свойства Божественной природы, оставшейся неизменной и после Воплощения. Через взаимодействие с «храмом, в котором она обитала» (th tou naou sunajeia), Божественная природа Слова Сама подвергалась разрушению.
Очевидно, что только четкое различение между Словом как личностью или ипостасью и Божеством как природой бесстрастной, неизменной, общей для всех Лиц Пресвятой Троицы, могло помочь если не объяснить, то по крайней мере выразить тайну Искупления. Но такого различения не было ни у св. Кирилла, ни у Нестория. Церковь приняла его на Халкидонском Соборе, и это поставило ряд новых проблем, которые позднее пыталось разрешить византийское богословие, но в середине V века казалось, что в халкидонской формуле Церковь обрела единственно приемлемый православный способ выражения существенных черт тайны Воплощения.
Ересь Евтихия обратила внимание Восточной Церкви, все еще находившейся под впечатлением победы св. Кирилла над Несторием, на опасности, к которым мог привести торжествующий александризм. Было очевидно, что в богословском словаре св. Кирилла отсутствовали термины, позволившие бы справиться с ними.
Акты Константинопольского Синода, разбиравшего под председательством епископа Флавиана в 448 году дело Евтихия, показывают, что св. Кирилл оставался единственным критерием православия как для судей, так и для осужденного. Евтихий, сперва не хотевший признать формулу согласия, которую св. Кирилл принял в 433 году во время примирения с восточными (Христос истинный Бог и истинный Человек и «единство двух природ»), в конце концов согласился с ней. Однако он отказывался исповедовать существование во Христе двух природ «после соединения», то есть сохранение целостности обеих природ во Христе. Многие епископы, принимавшие участие в работе Синода, справедливо считали учение о двух природах после соединения по содержанию кирилловым, хотя сам св. Кирилл формально никогда не утверждал подобного.
Осуждение Евтихия многим показалось отходом от учения св. Кирилла. Диоскор Александрийский при поддержке императора без особого труда добился низложения св. Флавиана, реабилитации Евтихия и осуждения последовательных защитников учения о «двух природах после соединения», а именно блаж. Феодорита Кирского и Ивы Эдесского, которые, принимая во внимание их прежнюю дружбу с Несторием, изначально были скомпрометированы. Таковы были деяния «разбойничьего» Эфесского собора, который под воинственным предводительством племянника и преемника св. Кирилла на александрийской кафедре совершил все это во имя богословия св. Кирилла. Только смерть императора Феодосия II сделала возможным изменение ситуации.