Правдоподобней выглядит и сам арест. По Иоанну, не толпа с кольями пришла схватить Иисуса, а «Иуда, взяв отряд воинов и служителей» приходит в конспиративное место «с фонарями и светильниками и оружием». Иисус, «зная все, что с Ним будет, вышел и сказал им: кого ищете? Ему отвечали: Иисуса Назорея, Иисус говорит им: это Я… итак, если, Меня ищете, оставьте их, пусть идут…» После этого «воины и тысяченачальник и служители Иудейские взяли Иисуса, и связали Его».
В отличие от синоптиков[48], которые говорят о двух первосвященниках — Анне и Каиафе, Иоанн говорит об одном. Связанного Иисуса отвели «сперва к Анне; ибо он был тесть Каиафе, который был на тот год первосвященником». В дальнейшем мы увидим, что исторически такого порядка не было, но само изложение по внутренней логике, выглядит более правдоподобно. Там, в доме Анны и произошел первый допрос Иисуса: Первосвященник спросил его «об учениках Его и об учении Его». На это Иисус вполне резонно отвечает, что он проповедовал открыто: «Я говорил явно миру, Я всегда учил в синагоге и в храме, где всегда Иудеи сходятся, и тайно не говорил ничего».
Ничего не добившись от арестованного, «Анна послал Его связанного к первосвященнику Каиафе». Что происходило у него, Иоанн не говорит, так как тут же «от Каиафы повели Иисуса в преторию[49]». По Иоанну, это было субботнее утро в день перед Пасхой: «Было утро; и они не вошли в преторию, чтобы не оскверниться, но чтобы можно было есть пасху». Пилат сам вышел к ним и спросил, в чем вина арестованного? «Они сказали ему в ответ: если бы Он не был злодей, мы не предали бы Его тебе». Правитель предложил собравшимся судить арестованного «по закону вашему», но ему возразили, что вынесение смертных приговоров не входит в юрисдикцию иудеев. Делать нечего, «Пилат опять вошел в преторию, и призвал Иисуса, и сказал Ему: Ты царь Иудейский?» Иисус поинтересовался, по своей ли инициативе проводит Пилат расследование? Правитель пренебрежительно заметил: «разве я Иудей? Твой народ и первосвященники предали Тебя Мне: что Ты сделал?» Иисус в ответ на обвинение заверил Пилата: «Царство Мое не от мира сего». Тем самым он дал понять правителю, что не представляет опасности для Римской империи и «пришел в мир, чтобы свидетельствовать об истине». Такие мелочи как истина или справедливость прокуратора Иудеи не волновали и, небрежно бросив — «что есть истина?», Пилат вышел к ожидавшим его решения иудеям и сказал им: «я никакой вины не нахожу в нем».
Пилат предложил им отпустить Иисуса: «есть же у вас обычай, чтобы я одного отпускал вам на Пасху: хотите ли, отпущу вам Царя Иудейского?» Ответ присутствующих при этом иудеев в данном Евангелии выглядит правдоподобнее, чем у синоптиков. Не стихийно собравшийся народ не захотел освобождения Иисуса, а те, кто привел его на суд к Пилату.
Услышав, что они не хотят освобождения арестованного, Пилат «велел бить Его». В Евангелии от Иоанна звучит тот же мотив, что и у синоптиков, правитель всячески хочет показать, что он непричастен к осуждению Иисуса. На фоне вседозволенности и почти полного самовластия римских наместников это абсолютно неправомерный мотив. Но как бы там ни было Пилат снова выводит арестованного и говорит собравшимся: «вот, я вывожу Его к вам, чтобы вы знали, что я не нахожу в Нем никакой вины». Но иудеи продолжали требовать смертной казни и кричали «распни, распни Его!». Тут Пилат делает довольно хитрый ход, он говорит собравшимся: «возьмите Его вы и распните, ибо я не нахожу в Нем вины». Иоанн представляет дело так, что Пилат всячески пытается освободить узника, а вот иудеи всеми мерами убеждают его в том, что тот должен умереть. Когда не срабатывает аргумент, что Иисус повинен смерти, «потому что сделал Себя Сыном Божиим», они прибегают к последнему средству — бросают правителю в глаза обвинение в том, что он не радеет об интересах империи: «если отпустишь Его, ты не друг кесарю; всякий делающий себя царем, противник кесарю». После этих слов, Пилату не оставалось ничего другого, как осудить Иисуса.