Как писал Леонид Кербер: «Здание КОСОС составляло семь этажей. Нижние два отделили от верхних и оставили за заводом, а пять верхних отдали ЦКБ. Все окна зарешетили, межэтажные двери заколотили, оставив одну на главной лестнице. Возле неё был пропускной тамбур, где дежурила охрана НКВД. На седьмом и половине шестого этажа разместилась администрация тюрьмы, помещение внутренней охраны, диспетчерская, медсанчасть. Вторую половину шестого этажа отдали под столовую и спальни, входить в которые охранникам запрещалось. Только глубокой ночью они, стараясь не нарушать сон специалистов, сопровождали дежурного, пересчитывавшего спящих «по головам».
Будили в семь утра, до восьми — туалет, бритьё, умывание, в девять — завтрак, потом до тринадцати — работа. Затем следовал перерыв на обед и снова работа до девятнадцати часов, после чего наступало «свободное время», но большинство возвращалось на рабочие места. Остальные играли в шахматы или читали книги, привозимые из библиотеки Бутырки…
Некоторые отправлялись гулять на крышу, где была организована большая зарешеченная комната-дворик. Оттуда были видны на севере Лефортовские казармы, на западе можно разглядеть Кремль, на востоке — шоссе Энтузиастов с жилыми домами и только на юге не просматривалось ничего потому, что весь юг занимали заводские постройки»
29 февраля 1940 г. руководство Спецтехотдела «103» обратилось в Главное Управление Авиационной службы Красной Армии с просьбой включить в план опытного строительства на 1940 год новый пикирующий бомбардировщик под двигателем М-120. Но 1-го июля 1940 г. ГКО уточнил своё постановление и потребовал построить три экземпляра самолёта «103»: первый с моторами АМ-37, два последующих — с моторами М-120ТК-2.
29 января 1941 г. лётчик-испытатель М.А. Нюхтинов впервые поднял в воздух бомбардировщик «103».
Однако в конце июля 1941 г. Туполев вместе с ЦКБ-29 отправился в эвакуацию в Омск. Там на базе автосборочного создаётся авиационный завод № 166. Директором его стал Ляпудевский А.В., а руководителем КБ — А.Н. Туполев.
Самолёты и торпедные катера нуждались в моторах большой мощности, и Берия создаёт шарашки, где проектируются двигатели. Королёв направляется в шарагу под начало знаменитого конструктора авиационных и ракетных двигателей Валентина Петровича Глушко.
В 1934–1938 г.г. Глушко работал в РНИИ начальником отдела по разработке жидкостно-реактивных двигателей. В марте 1938 г. он был арестован и по август 1939 г. находился под следствием во внутренней тюрьме НКВД на Лубянке и в Бутырской тюрьме. 15 августа осуждён особым совещанием при НКВД СССР сроком на 8 лет, впоследствии оставлен для работы в техбюро.
19 ноября 1942 г. Королёв прибыл в Казань и был направлен в КБ, которым руководил В.П. Глушко. КБ работал над созданием четырёхкамерного реактивного двигателя на жидком топливе тягой 1200 кг. Однако на первом этапе наиболее реальной оказалась установка однокамерного варианта РД-1 тягой 300 кг. в качестве вспомогательного двигателя на самолёт Петлякова «Пе-2».
На втором этапе предлагалось построить реактивный самолёт-перехватчик РП с четырёхмоторным РД-1. Проект этого самолёта выполнили в КБ в очень короткий срок. Пояснительная записка к нему, написанная Королёвым, датирована 16 декабря 1942 г: «Предполагаемый самолёт-перехватчик с реактивным двигателем РД-1 является представителем нового класса сверхскоростных высотных истребителей. РП обладает исключительно высокими лётными и техническими качествами и мощным вооружением, что при сравнительно большой для реактивных машин продолжительности полёта позволяет ему решать многие недоступные для винтомоторных самолётов тактические задачи. РП может догнать и уничтожить любой современный скоростной самолёт, летящий на сколь угодно большой высоте и попавший в зону его действия. Малая трудоёмкость и доступность в изготовлении самолёта РП и двигателя РД-1 позволяют в короткие сроки наладить выпуск машин для использования в идущей войне».
8-го января 1942 г. для реализации этого плана создаётся группа реактивных установок № 5 во главе с Королёвым как главным конструктором авиационной реактивной установки. Группа состояла из четырёх бригад, включавших шестнадцать человек, из которых пятеро — специалисты 4-го Спецотдела НКВД, а остальные — вольнонаёмные.