Повторные поползновения султана Махмуда заполучить к себе Ибн-Сину заставляют его покинуть и этот город, откуда он попадает сначала в Казвин, а потом — в Хамадан. Годы его жизни в Хамадане (1015–1024) ознаменовались тем, что он свою научную деятельность сочетал с весьма активным участием в политических и государственных делах эмирата. Успешное лечение правителя Хамадана Шамсад-Даули приводит его к посту визиря, но, будучи в этой должности, он вызывает гнев военных кругов, которых, вероятно, не устраивали его идеи, изложенные им тогда же в книге «Ведение дел, связанных с войском, мамелюками, воинами, их провиантом и взиманием государственных налогов». Дошло до того, что дом визиря подвергся осаде и разграблению, а сам он был схвачен и едва не расстался с жизнью. Эмир отклонил требование военных предать Ибн-Сину казни, но принял компромиссное решение сместить его с занимаемой должности и выслать за пределы своих владений. «Сорок дней» скрывался Абу-Али у одного из знакомых, пока с эмиром не случился очередной приступ одолевавшей его болезни, который заставил его отыскать ученого, извиниться перед ним и назначить вновь своим министром.
Неотлучно следовавший повсюду за своим учителем аль-Джузджани предложил ему тогда же взяться за комментирование трудов Аристотеля. «Он ответил, — пишет аль-Джузджани, — что у него сейчас для этого нет свободного времени, но добавил: „Если тебя устроит, чтоб я написал книгу, в коей изложил бы из этих наук то, что представляется мне истинным, не входя в дискуссии с теми, кто придерживается отличной от моей точки зрения, и не утруждая себя их опровержением, то я сделаю это“. Я согласился, и, начав с раздела о физике, он приступил к написанию сочинения, которое было названо им „Исцеление“» (там же, 46–47).
Новые перемены в жизни Абу-Али произошли после того, как от очередного приступа, случившегося с ним в походе, умер Шамс-ад-Дауля и власть в эмирате перешла к его сыну. Ибн-Сине было предложено вновь занять пост визиря, но он отказался и предложил свои услуги эмиру Исфахана Аля-ад-Дауле, войдя с ним в тайную переписку. Пока, укрываясь в доме некоего аптекаря, ученый работал над «Книгой исцеления», тайна его сношений с исфаханским правителем была раскрыта; недруги выдали место, где он укрывался, Ибн-Сина был схвачен и заточен в крепость. За четыре месяца, проведенных в заключении, Абу-Али написал три работы, в том числе «Трактат о Хайе, сыне Якзана».
Ибн-Сина находился еще в неволе, когда Хамадан был взят войсками Аля-ад-Даули, а потерпевший поражение эмир очутился в той же крепости, куда в качестве узника препроводил недавно бывшего визиря. После того как Аляад-Дауля оставил город, хамаданский правитель покинул крепость вместе с Ибн-Синой и обратился к нему с щедрыми посулами, предлагая остаться при нем, но уговоры оказались напрасными.
При первом же удобном случае Абу-Али, переодевшись дервишем, выскользнул из города и направился в Исфахан. При дворе Аля-ад-Даули ему был оказан радушный прием. Эмир дал указание, чтобы каждую пятницу в его присутствии устраивались собрания ученых, и, по заверению аль-Джузджани, его учитель не был превзойден никем ни в одной из затрагивавшихся там отраслей знания.
Проведенные им в Исфахане последние годы жизни (1024–1037) были для Ибн-Сины самыми плодотворными. Этому в немалой степени способствовало то участливое внимание, которое он встречал в своих научных устремлениях у эмира (историограф Ибн-аль-Асир характеризует последнего как «дурно верующего» и обвиняет в том, что как раз из-за его тлетворного влияния Ибн-Сина впал в «ересь» и восстал против богооткровенной религии). Именно здесь он завершил свою энциклопедическую «Книгу исцеления» (последние разделы дописывались в походе, в котором Абу-Али сопровождал эмира) и создал другие важные философские произведения: «Книгу спасения», «Книгу знания», «Книгу указаний и примечаний», «Восточную философию» и «Книгу справедливого разбирательства». Рукопись последнего из перечисленных трудов, насчитывавшая двадцать томов, вскоре исчезла во время вражеского нашествия.