Ситуация усугублялась негласным кодексом поведения, существовавшим в среде востоковедов: не высказываться по тематике, выходящей за пределы их узкой специализации, и тем более по языкам, досконально не изученным. А поскольку в университете крупных кавказоведов, кроме Марра, не было, то критические выступления по его адресу были невозможны. Марр заботился о своем монополизме, точнее, о монополизме своей школы: к моменту революции у него уже было немало учеников, среди них такие крупные ученые как И. А. Орбели, И. А. Джавахишвили, А. Г. Шанидзе. А чужаков он старался изгнать из кавказоведения, так, он не дал возможности продолжать занятия армянским языком видному языковеду А. И. Томсону, опубликовавшему армянскую грамматику (именно Томсон спустя много лет пожалеет исписанную Марром бумагу). Не мог он до конца справиться лишь с конкурентами из Грузии и Армении, где, особенно в Грузии, всегда существовала ему оппозиция. Там могли разбираться в его построениях, тогда как петербургские коллеги исходили из презумпции научной достоверности и не догадывались, что и в ранний период ученый мог, если в толковании места в памятнике одно слово не укладывалось в его концепцию, зачеркнуть слово и делать вид, что его нет.
Сам Марр указанному кодексу не следовал. Ранний период его деятельности – эпоха господства позитивизма, когда не только в востоковедении, но в любой гуманитарной науке господствовали «преклонение перед фактом», по выражению В. Н. Волошинова, и боязнь обобщений. Марра же с самого начала тянуло к разнообразным глобальным сюжетам от происхождения языка (глоттогенеза) до миграций народов в древности. Общность этих сюжетов была лишь в одном: Марр сохранил господствовавшее весь XIX в. понимание любой гуманитарной науки, в том числе языкознания, как науки исторической, и тяготел к изучению древнейших, дописьменных и, как тогда часто говорили, «доисторических» эпох. Эти эпохи не могли изучаться филологическими методами, основанными на анализе письменных текстов; дальше вглубь веков заходили лишь археология и сравнительно-историческое языкознание (компаративистика), позволявшее реконструировать праязыки, из которых развились реально зафиксированные языки. Но, во-первых, эти две дисциплины не могли состыковаться между собой: археологические данные оказывались безгласными, а языковые данные очень трудно было привязать к какой-либо археологической культуре. Во-вторых, любые реконструкции получают праязыки, существенно не отличающиеся от современных языков; на их основе нельзя судить о том, как далекие предки человека научились говорить. А Марру хотелось узнать обо всем этом, хотя фактов в его распоряжении не было, зато были богатая фантазия и умение безапелляционно излагать свою точку зрения.
Аппетиты Николая Яковлевича росли постепенно. Поначалу его построения еще находились в рамках допустимых в науке гипотез, хотя доказывать он их не умел. Еще в год окончания университета он выступил со статьей, где без всяких доказательств высказал две основополагающие идеи: о существовании особой семьи языков, которые он назвал яфетическими, и о более отдаленном родстве яфетических языков с семитскими. Как известно, у библейского Ноя были три сына Сим, Хам и Яфет (Иафет). В лингвистике давно выделялись семитская и хамитская семьи, а яфетической не было (хотя в Библии к сынам Яфета как раз отнесены в основном народы, говорившие на индоевропейских языках). И Марр предложил так называть языки, типичным представителем которых во всех многочисленных его вариантах этой семьи оставался грузинский. Снова развивать эти идеи Марр стал с 1908 г., когда опубликовал книгу о семито-яфетическом родстве. Там у него уже содержалось немало языковых примеров, однако никакой строгой методики доказательства не было, поскольку Марр ею не владел. Когда книга вышла, один из академиков заявил ему: «Не ждите, что мы будем Вам помогать, но и мешать Вам мы не будем». Иначе отнеслись к ней и другим работам Марра зарубежные ученые, в частности, крупнейший французский лингвист того времени А. Мейе, выступивший с резкой критикой построений Марра: «Поразительные фантазии, в которых нет лингвистики». После этого Марр на всю жизнь возненавидел и самого Мейе, и всю не признававшую его западную науку. В начале 20-х гг. он попытается создать международный Яфетический институт, но потерпит неудачу.