Крестьяне, обследованные Селищевым, жаловались на местную белую власть, а, как он пишет, «отношение к “большевизне” сочувственнее. Эти села только слышали программные речи большевиков и видели их бегущими после своего падения. По местам с благодарностью вспоминают, что большевики разрешили воспользоваться крестьянам спорной бурятской землей. Вернувшиеся военнопленные своими рассказами о голодающих деревнях Европейской России несколько поколебали надежды на большевицкое благополучие». В этих фразах видны и неприязнь их автора к большевикам, и представление о необратимости их падения.
Селищев подробно описывает и костюм старообрядцев, и содержание их книг, и их духовные стихи, и фонетические и грамматические особенности их диалекта, устанавливая, что они переселились из старообрядческих районов Черниговской и Могилевской губерний (это как раз те места, где сходятся Россия, Украина и Белоруссия). Многое из того, что успел зафиксировать ученый, скоро будет безвозвратно утрачено. При всей тяжести обстановки экспедиция достигла важных научных результатов.
В Иркутске Селищев работает и над более обширным по охвату материала исследованием, подготовив первый выпуск «Диалектологического очерка Сибири», оставшийся единственным. В нем описывается фонетика и морфология русских говоров Сибири и частично Дальнего Востока, выявляются их происхождение от говоров исходных местностей, взаимовлияние и результаты контактов с аборигенными языками. Книга вышла в 1921 г., когда ее автора уже не было в Иркутске.
В 1920 г. вопреки представлениям Селищева большевики вернулись. Второй раз с белыми он не ушел: теперь это означало эмиграцию, а, видимо, хотелось продолжать исследовательскую и преподавательскую деятельность на родине. Еще несколько месяцев он жил в Иркутске, но летом того же года решил вернуться в Казань, где стал профессором, как раз в это время он совершил еще одну важную по результатам экспедицию, изучив бытование русского языка у неславянских народов Поволжья: чувашей и марийцев; результаты также были опубликованы. Но второй период пребывания в Казани оказался много короче первого: менее двух лет. Работы там было мало; как пишет ученик и биограф Селищева С. Б. Бернштейн, «весь цикл славистических дисциплин подвергся в это время здесь значительному сокращению». И не попрекали ли его в Казани «белогвардейством»? А, может быть, просто показалось заманчивым предложение переехать в Москву?
В конце 1921 г. Афанасий Матвеевич получил приглашение занять после смерти профессора В. Н. Щепкина кафедру славянской филологии в МГУ (тогда 1 МГУ) и в начале 1922 г. переехал в Москву, где прожил оставшуюся часть жизни с перерывом на годы заключения. Он поселился прямо в здании университета (в том корпусе, где сейчас факультет журналистики) вдвоем с помогавшей ему старой няней: семьи и личной жизни профессор никогда не имел, все время было посвящено работе.
К этому времени славистика и история русского языка в Москве испытали большие потери: одни умерли, другие эмигрировали. Молодой энергичный профессор быстро занял ведущее положение. Помимо МГУ, он работал в Институте языка и литературы РАНИОН (Российская ассоциация научных институтов общественных наук), возглавлял секцию русского языка Ученого комитета Наркомпроса. С московскими лингвистами, воспитанными в иных, чем он, традициях школы Ф. Ф. Фортунатова, он нашел общий язык. По мнению В. Н. Сидорова, видного представителя Московской школы, Селищев, «пожалуй, был ближе к московской школе, чем к казанской». Сидоров и другой крупный представитель этой школы Р. И. Аванесов были в те годы учениками Афанасия Матвеевича. Но отношение к нему оказывалось у склонных к теории его учеников неоднозначным, о чем много лет спустя скажет Аванесов. «Главный учитель», «наш любимец», пример в науке и жизни, но «не понимал и принимал все новое в лингвистике», включая уже не раз здесь упоминавшуюся фонологию. Рубен Иванович вспоминал, что однажды он даже грубо ответил учителю, когда тот «резко выступил против нашего метода», за что потом себя винил.
Тематика исследований у Селищева в эти годы имела три направления: славистика, в основном в историческом плане, русская диалектология, социолингвистика. Славистикой, однако, становилось заниматься все труднее и не только потому, что нельзя стало ездить в славянские страны: в эпоху «санитарного кордона» вокруг СССР изучение языков враждебных государств не очень поощрялось. Три написанные ученым книги он смог издать лишь в Болгарии в 1929–1933 гг. на русском языке (тогда публикации за границей еще допускались). Это «Полог и его болгарское население», «Славянское население в Албании», «Македонские кодики XVI–XVIII вв.». Из диалектологических работ наиболее крупная – «Русские говоры Казанского края» (1927).