К этому же, приблизительно, времени относятся замечания С. на проект устава о книгопечатании, составленный комиссией под председательством кн. Д.А. Оболенского (см. «Материалы для биографии М.Е. Салтыкова»). Главный недостаток проекта С. видит в том, что он ограничивается заменой одной формы произвола, беспорядочной и хаотической, другой, систематизированной и формально узаконенной. Весьма вероятно, что стеснения, которые «Современник» на каждом шагу встречал со стороны цензуры, в связи с отсутствием надежды на скорую перемену к лучшему, побудили С. опять вступить на службу, но по другому ведомству, менее прикосновенному к злобе дня. В ноябри 1864 г. он был назначен управляющим пензенской казенной палатой, два года спустя переведен на ту же должность в Тулу, а в октябре 1867 г. – в Рязань. Эти годы были временем его наименьшей литературной деятельности: в продолжение трех лет (1865, 1866, 1867) в печати появилась только одна его статья «Завещание моим детям» («Современник», 1866, № 1; перепеч. в «Признаках времени»).
Тяга его к литературе оставалась, однако, прежняя: как только «Отечественные Записки» перешли (с 1 января 1868 г.) под редакцию Некрасова, С. сделался одним из самых усердных их сотрудников, а в июне 1868 г. окончательно покинул службу и сделался одним из главных сотрудников и руководителей журнала, официальным редактором которого стал десять лет спустя, после смерти Некрасова. Пока существовали «Отечественный Записки», т. е. до 1884 г., С. работал исключительно для них.
После запрещения «Отечественных Записок» С. помещал свои произведения преимущественно в «Вестнике Европы»; отдельно «Пестрые письма» и «Мелочи жизни» были изданы при жизни автора (1886 и 1887), «Пошехонская старина» – уже после его смерти, в 1890 г.
Здоровье С., расшатанное еще с половины 70-х годов, было глубоко потрясено запрещением «Отечественных Записок». Впечатление, произведенное на него этим событием, изображено им самим с большою силой в одной из сказок («Приключение с Крамольниковым», который «однажды утром, проснувшись, совершенно явственно ощутил, что его нет») и в первом «Пестром письме», начинающемся словами: «несколько месяцев тому назад я совершенно неожиданно лишился употребления языка»… Редакционной работой С. занимался неутомимо и страстно, живо принимая к сердцу все касающееся журнала. Окруженный людьми ему симпатичными и с ним солидарными, С. чувствовал себя, благодаря «Отечественным Запискам», в постоянном общении с читателями, на постоянной, если можно так выразиться, службе у литературы, которую он так горячо любил и которой посвятил, в «Круглом годе», такой чудный хвалебный гимн (письмо С. к сыну, написанное незадолго до смерти, оканчивается словами: «паче всего люби родную литературу и звание литератора предпочитай всякому другому»).
Незаменимой утратой был для него, поэтому, разрыв непосредственной связи между ним и публикой. С. знал, что «читатель-друг» по-прежнему существует – но этот читатель «заробел, затерялся в толпе и дознаться, где именно он находится, довольно трудно». Мысль об одиночестве, «оброшенности» удручает. его все больше и больше, обостряемая физическими страданиями и в свою очередь обостряющая их. «Болен я, – восклицает он в первой главе «Мелочей жизни», – невыносимо. Недуг впился в меня всеми когтями и не выпускает из них. Изможденное тело ничего не может ему противопоставить».
Последние его годы были медленной агонией, но он не переставал писать, пока мог держать перо, и его творчество оставалось до конца сильным и свободным; «Пошехонская старина» ни в чем не уступает его лучшим произведениям. Незадолго до смерти он начал новый труд, об основной мысли которого можно составить себе понятие уже по его заглавию: «Забытые слова» («Были, знаете, слова, – сказал Салтыков Н.К. Михайловскому незадолго до смерти – ну, совесть, отечество, человечество, другие там еще… А теперь потрудитесь-ка из поискать!.. Надо же напомнить!»…).
Он умер 28 апреля 1889 г. и погребен 2 мая, согласно его желанию, на Волковом кладбище, рядом с Тургеневым.