На территории Мышкинского и Угличского уездов центрами крестьянских выступлений стали Васильковская, Богородская, Климатинская и Юрьевская волости. Для подавления этого восстания сюда были посланы различные отряды под общим руководством командира 46-го Рыбинского стрелкового полка железнодорожной охраны Д. Кузьмина, к которому позже добавился отряд Ярославской ЧК под началом А.Ф. Френкеля. В одном из материалов Н.П. Рязанцев отмечал:
Пошехонье традиционно славилось своими крестьянскими мятежами, направленными против советской власти. К июлю 1919 года здесь скопилось около 5 тысяч вооруженных крестьян. Дело дошло до того, что повстанцы снова двинулись на Пошехонье, намереваясь захватить город, что им не удалось сделать летом 1918 года. В сторону Похешонья были посланы регулярные части, в том числе артбатарея из двух орудий из Рыбинска. У деревни Михалково произошло ожесточенное столкновение красных с отрядами крестьянских повстанцев. Около села Пречистое восставшие были окончательно разбиты, их общие потери составили около 500 человек убитыми и ранеными. Одним из руководителей восставших был бывший генерал Майер, которого красные пленили и расстреляли. Одновременно с этим была дестабилизирована обстановка в Даниловском и Любимском уездах. Здесь действовали разрозненные группировки, общая численность которых составляла до восьми тысяч человек. Наиболее крупные отряды возглавляли бывшие офицеры братья Озеровы и Пашков. Отряды действовали в местных краях вплоть до 20-х годов, а их предводители превратились в фольклорные фигуры, которые обросли легендами. Разгромить отряд братьев Озеровых удалось только в 1925 году.
Мятеж и его последствия постепенно ушли в прошлое. Теперь предстояло восстанавливать истерзанный и разбитый город, точнее – фактически создавать его заново. Разумеется, что именно делать, большевистское руководство не знало, но оно стопроцентно было уверено, что все должно базироваться на основе самых современных принципов градостроения.