Существующее крутое четырехскатное железное покрытие храма скрывает нижнюю часть барабанов с изразцами. Оно появилось после пожара 1708 г. и сменило древнюю деревянную кровлю. Внутри огромных ложных закомар отчетливо прослеживаются следы более низких полукружий. В процессе строительства первоначальное завершение показалось строителям недостаточно выразительным, и было решено поднять верх карниза, изменив очертания закомар.
Для росписи своего великолепного храма жители Толчковской слободы пригласили самых лучших мастеров «стенного писания». Имена шестнадцати художников, «трудившихся в деле сем» с 5 июня 1694 г. по 6 июля 1695 г., записаны в интерьере в клейме на южной стене. Роспись паперти и северного придела была продолжена ими в 1700 г. Руководителем артели был известный ярославский знаменщик Дмитрий Григорьев Плеханов, в 1660-1680-х гг. выполнявший большие заказы царского двора, Ростовской митрополии, Троице-Сергиевой лавры, Вологды, Ярославля. Вторым знаменщиком был Федор Игнатьев, более молодой, но тоже талантливый и опытный мастер, уже работавший с Дмитрием Плехановым ранее.
Еще в предшествующее время в творчестве ярославских художников монументальный стиль стенописей все больше приобретал повествовательный и декоративный характер. В той или другой мере он присущ всем росписям начала 1690-х гг. (в соборе Толгского монастыря, в церквах Спаса на Городу и Богоявления). Однако самое полное и наиболее совершенное выражение декоративно-повествовательный стиль получил во фресках Толчковского храма.
Тематический диапазон росписей здесь необычайно широк. В этом отношении они не знают равных не только в русском, но и в мировом искусстве. Это настоящая энциклопедия евангельских и библейских сюжетов. Стены главного храма разбиты на максимальное число ярусов: на западной стороне их девять, на восточной восемь. Совершенно уникальным является нижний ярус росписей южной и северной стен. Здесь вместо традиционного для Ярославля орнамента изображены Двенадцать месяцев (святцы) — все святые православной церкви. На западной стене в нижнем ярусе размещены аллегорические композиции «Песни песней», заменившие собой назидательную картину Страшного суда. Два следующих яруса заняты, как обычно, основной темой (житие Иоанна Предтечи), а верхние ярусы целиком посвящены многочисленным евангельским историям. На столпах художники поместили композиции на темы деяний апостольских.
Огромный интерес вызывают росписи галерей с их бесконечными многофигурными иллюстрациями Библии от сотворения мира до падения Иерихона. Как и в галерее церкви Ильи Пророка, здесь много композиций на житийные и назидательные литературные сюжеты: притча «Видение отца о загробных муках его дочери», занимательная повесть «Вирсавия», легенда «О блаженном Тите» и другие. По- прежнему, как и в более ранних памятниках, вольный и предприимчивый дух торгово-ремесленного Ярославля витает над миром образов толчковских росписей. Библейские темы все еще трактуются в жанре назидательной бытовой новеллы, выполненной с огромным художественным темпераментом и мастерством. В сюжете «Соглядатаи», размещенном на своде южной стены, главной темой стало поэтическое прославление плодородия «земли ханаанской». В сцене «Пир Ирода» основное внимание уделено огромному, уставленному яствами пиршественному столу, вокруг которого мчится в танце одетая в русский сарафан Иродиада. На южной стене в композиции «Усекновение главы» в почти балетной позе изгибается палач, занося тяжелый меч над Иоанном Предтечей; жена фараона Пентефрия исступленно и властно тянет к своему ложу молодого Иосифа. По сравнению с предыдущим периодом здесь больше энергичных, порой даже утрированных движений и жестов (илл. 88–92).
Лукаво-снисходительное отношение к грехам человеческим, столь характерное для большинства росписей церкви Ильи Пророка, заменяется в иоанно-предтеченских фресках суровым изобличением соблазна и порока, которые художники стремятся представить в наиболее неприглядном, отталкивающем виде. Росписи Толчковского храма обещают зрителю суровую кару за грехи и отличаются обилием демонологических сюжетов.
В отличие от росписей церкви Богоявления с их теплым золотистым колоритом толчковские стенописи несколько холоднее, в них преобладают зеленоватые и светло-желтые тона. В росписях паперти краски более локальны и значительно суше по цвету. Но они поражают своим превосходным рисунком, особенно мастерски выполненным на скругленных поверхностях распалубок сводов и их гранях.