К 1100 году большая часть Японии за окрестностями Хэйана (Киото) находилась под контролем местных военных семей, и следующее столетие стало свидетелем практически непрекращающихся гражданских войн. В 1185 году самый могущественный военный клан установил централизованное военное правительство – первый из трех сёгунатов, которым в грядущих столетиях предстояло определять политическую, социальную и культурную жизнь Японии.
Присутствие в японской истории сильного военного начала, несомненно, привнесло во многие важные составляющие японской мысли и общественной жизни, далеко выходящие за изначальный контекст искусства войны, определенные черты, характерные для военного сословия. Сотни лет самураи не только были властителями политических судеб нации, но и считались главной гордостью национального самосознания. Воинские мораль и дух оказывали на общество такое же мощное влияние, как и реальная власть воинов.
В течение нескольких столетий после того, как из Китая в Японию пришла великая культура танской династии, усилившая национальные амбиции японцев, императорский двор и придворная аристократия, владевшая огромными земельными поместьями по всей стране, вели роскошную жизнь в пределах Киото и его ближайших окрестностей. Тем временем управлявшие землями и поддерживавшие в них порядок представители местных воинских элит год от года требовали все большей компенсации за службу, в результате чего за прошедшие столетия значительная часть доходов с земли, да и прав на саму землю, перешла в руки самураев. К концу XII столетия была официально признана центральная ставка сёгуна – верховного полководца. Так возникло новое правительство со своей столицей в восточной Японии.
В XIII веке новые военные властители Японии опять обратили свой взор на Китай. Теперь их внимание привлекли дзэн-буддизм и неоконфуцианство, к тому времени уже прочно утвердившиеся в Поднебесной в качестве ведущих направлений мысли. И центральная, и местные военные власти покровительствовали прибывавшим из Китая дзэнским наставникам – как японским паломникам, возвращавшимся на родину после изучения религии в Китае, так и китайским иммигрантам, искавшим спасения от монгольских захватчиков. Покровительство это ознаменовало собой начало новой эпохи в жизни японской цивилизации, эпохи, при которой лидерство и в политической, и в культурной жизни вместо старой аристократии захватили самураи. В течение последующих столетий они всячески поддерживали идеи дзэн-буддизма и неоконфуцианства, чем оказали неизгладимое влияние на развитие бусидо и японской этики.
В конце XIII века монгольские правители Китая дважды пытались вторгнуться в Японию. Моментально позабыв о внутренних распрях, воины Японии отразили нападение монгольского флота. Вторая же экспедиция монголов стала жертвой сильнейшего урагана,
В результате возникшее недовольство усилило существовавшие внутри военной феодальной машины трения, что в конце концов привело к крушению правящей династии сёгунов в XIV столетии. Ее место занял новый сёгунат, который в императорской столице Киото провозгласил другой военный клан и его союзники. Второй сёгунат так и не достиг той степени политического и военного могущества, которое имел в период своего расцвета его предшественник, зато он пошел гораздо дальше первого в практике покровительства дзэн-буддизму и связанным с ним изящным искусствам. По настоянию одного из ведущих дзэнских наставников сёгуны Киото восстановили контакты с Китаем.
Однако политическая раздробленность, характерная для той эпохи, по-прежнему сеяла семена раздоров между местными правителями. Слабость землевладельцев и растущие амбиции вассалов постоянно разжигали войны между самураями различных рангов. Последняя треть XV века и практически весь век XVI наблюдали непрекращавшуюся гражданскую войну. Японские историки говорят о перипетиях той эпохи