Япония вышла из столкновения победительницей, бакуфу — военная администрация — получила всеобщее признание. Вместе с тем монгольская драма имела печальные последствия. Воины гордились своей победой, но в то же время их не покидало чувство, что их обманули. В этой всеобщей победной эйфории возникла привычка считать Японию непобедимой страной богов, которая получила благодать божественного покровительства. Здесь берет начало то, что позднее, в XIX–XX веках, превратилось в современный тэнноизм. Воины, большинство из которых умели только сражаться, в обычной жизни оказались лицом к лицу со своей нерастраченной энергией и невостребованным воодушевлением.
Для этих древних воителей всякая победа должна была сопровождаться завоеванием: грабеж, передел земель. Вооружаясь для отражения монгольского нашествия, они вложили все свои средства, но не получили ни материального вознаграждения, ни возмещения своих затрат. Им оставалось только растрачивать свою силу и энергию в распутстве и междоусобных войнах. Регент, который не сумел материально вознаградить людей за верность, был опозорен. Начался упадок режима Камакура, он быстро оказался необратимым. Междоусобные войны между старшими и младшими ветвями императорской семьи за династическое наследование только способствовали обострению отношений, и без того сложных, между правительством и знатью.
Смятение царило повсюду, когда Годайго, могущественный представитель старшего поколения, взошел на трон (1318). Будучи человеком действия, он был исполнен решимости вернуть императору достоинство, блеск и власть, утраченные когда-то. Через три года после своего вступления на престол, в 1321 году, он получил помощь от своего отца, отрекшегося от власти императора ГоУда (в свое время принявшего решение уйти в тень), и уничтожил институт инсэй. Десятью годами позже Годайго счел себя достаточно уверенным, чтобы открыто выступить против сёгуната. Разумеется, он переоценил свои силы. Киото был захвачен, и бакуфу возвел на трон императора из младшей линии, Кёгуна (1332–1333). Так впервые в японской истории император был захвачен в плен армией сёгуна. Годайго был изгнан на остров Оки (1332); несмотря на это, ему удалось собрать множество сторонников. На следующий год он сумел бежать из плена, и сочувствующие ему крупные феодалы, недовольные правительством Ходзё, объединились вокруг него. От его имени Асикага Такаудзи, главнокомандующий войсками бакуфу, изменивший сёгунату, завоевал Киото. Тогда же Нитта Ёсисада, другой перебежчик, разрушил Камакура (1333) и полностью истребил клан Ходзё. В течение двух лет Кэмму (1334–1336) Годайго пытался восстановить могущество императорского дома, давно уже утраченное. Сама идея, может быть, и не была лишена оснований, но уже не соответствовала экономическому и общественному положению Японии.
На протяжении многих десятилетий страна страдала от раздутого административного аппарата и иерархий, которые плодились одна от другой. Правительственные и религиозные чины, должностные лица сёгуната дублировались и переплетались, и все усложнялось неумеренной практикой разделения полномочий. Ничто никогда не отменялось, и административные должности передавались чуть ли не по наследству, их никто никогда не отменял. Однако постепенно они утрачивали свое значение. Наиболее серьезным оказалось то, что каждой должности полагалась своя часть налога, так что земля оказалась вскоре раздробленной на крохотные кусочки, и каждому участку предназначался особый налог. В этой неразберихе