Личный состав университета – как профессора, так и студенты – разделялись на четыре нации: чешскую, польскую, баварскую и саксонскую. Эпохой наивысшего процветания Пражского университета были семидесятые и восьмидесятые годы XIV столетия, когда в нем числилось до 11 тысяч студентов. С 1363 по 1392 год были, правда, основаны университеты: Краковский, Венский, Гейдельбергский, Кельнский и Эрфуртский, но все они, по сравнению с Пражским, имели значение лишь провинциальных центров. С 1367 по 1408 год Пражский университет выдал, по одному факультету свободных искусств, 844 магистерских диплома и 3823 диплома на бакалавра. Организация университета была такова, что обеспечивала полное господство немецкой партии. Хотя все четыре “нации” имели равные права, но в сущности три из них были немецкие, так как в польскую нацию записывались главным образом силезские немцы.
При всей своей терпимости и миролюбии Гус нередко выступал против чрезмерных притязаний немецких профессоров. Что Гус не был враждебен немцам, доказывается самим избранием его в ректоры, чего нельзя было достичь против воли немецкого большинства; но он нередко говорил, что в чешском королевстве чехи должны занимать такие же места, как французы во Франции и немцы в Германии.
Высшее пражское духовенство взяло в университетском вопросе, как и в политических распрях, сторону немецкой партии и даже тайно подстрекало немцев против чехов. В 1403 году после Гуса ректором был избран баварец Вальтер Геррасер. Один немецкий магистр, Гюбнер, явился в роли зачинщика новой университетской распри. Как полагают, по поручению самого архиепископа, Гюбнер рассмотрел недавно перед тем появившиеся в Праге богословские трактаты Виклифа, извлек из них 21 положение, к которым присоединил 24 пункта, осужденные лондонским собором, и все это препроводил в архиепископский капитул. Официал Кбель и пражский каноник Нос отправили эти 45 пунктов ректору Геррасеру, а этот последний немедленно созвал совет из всех пражских докторов и магистров.
Заседание, на котором обсуждался вопрос о тезисах Виклифа, было весьма бурным. Главным защитником тезисов оказались бывший учитель Гуса, Станислав из Цнойма, и приятель Гуса, Степан из Пальча. Один из чешских магистров, Николай из Литомышля, закричал Гюбнеру: “Ты извлек эти положения неправедным, лживым, клеветническим способом!” Гус, в свою очередь, сказал: “Такие подделыватели книг, по моему мнению, более виновны, чем те два торговца, которых несколько дней тому назад сожгли на площади за подделку шафрана”. Но нашлись магистры, возражавшие Гюбнеру прямо по существу дела. Степан из Пальча бросил на стол экземпляр книги Виклифа и воскликнул: “Пусть, кто хочет – встанет и скажет что-либо против единого слова в этой книге: я берусь защищать”. Еще резче говорил Станислав из Цнойма: “Я берусь, – сказал он, – доказать, что из этих 45 тезисов ни одного нельзя назвать ни еретическим, ни ложным”. Это заявление до того скандализировало собрание, что некоторые из старших профессоров вышли из зала. Оставшиеся значительным большинством голосов постановили: воспретить как публичное, так и частное преподавание 45 тезисов, – решение, впоследствии игравшее важную роль в судьбе Гуса.