Августовский мятеж 1991 года и последовавшее за ним образование 15 независимых государств прервали процесс реабилитации. Осенью 1992 года я обратился к Президенту Ельцину с предложением о возобновлении реабилитации жертв политических репрессий — теперь уже в России. Просьба была поддержана. 2 декабря 1992 года президент издал Указ «Об образовании Комиссии при Президенте Российской Федерации по реабилитации жертв политических репрессий». Наконец-то Комиссия получила свободу действий на весь период советской власти. Надо сказать, что Борис Николаевич последовательно и постоянно поддерживал работу Комиссии, хорошо понимал эту проблему для российского общества.
Своим Указом Б. Ельцин возложил на Комиссию следующие задачи: координация деятельности федеральных органов исполнительной власти по реализации Закона Российской Федерации «О реабилитации жертв политических репрессий»; изучение, анализ и оценка масштабов и механизмов репрессий; подготовка и представление соответствующих материалов и предложений по вопросам реабилитации Президенту Российской Федерации; информирование общественности о масштабах и характере репрессий. Одновременно в целях всестороннего изучения истории массовых политических репрессий Президентом России был подписан Указ от 23 июня 1992 года № 658 «О снятии ограничительных грифов с законодательных и иных актов, служивших основанием для массовых репрессий и посягательств на права человека».
Иными словами, Комиссия получила широкое пространство для своей деятельности. В результате были изданы следующие Указы: «О событиях в г. Кронштадте весной 1921 года», восстановивший справедливость в отношении почти 20 тысяч невинных людей — жертв произвола и насилия власти еще при Ленине; «О восстановлении справедливости в отношении репрессированных в 20—30-е годы представителей якутского народа»; «О восстановлении законных прав российских граждан — бывших советских военнопленных и гражданских лиц, репатриированных в период Великой Отечественной войны и в послевоенный период»; «О мерах по реабилитации священнослужителей и верующих, ставших жертвами необоснованных репрессий»; «О крестьянских восстаниях 1918—1922 годов»; «О дополнительных мерах по реабилитации лиц, репрессированных в связи с участием в событиях в г. Новочеркасске в июне 1962 г.».