От Брюса оф Клакманнан произошли другие, побочные линии — Брюс оф-Айрт, Эрлсхолл, Киннайрдо и др. Многие из них пресеклись с отсутствием мужских потомков. Чтобы не лишиться титулов или наследства, дальние родственники с иной фамилией меняли свою фамилию на почетную «Брюс», или родные передавали свое право наследования в другую семью, отдаленную, не имеющую званий и собственности, как поступил, например, в начале XVIII века граф Элгин и Эйлсбери, не желавший возвращать свой титул и владения короне, передав их своему племяннику, сменившему ради наследства фамилию.
Линия Клакманнан прервалась в 1772 году со смертью последнего шотландского Брюса оф Клакманнан — Генри Брюса (1700–1772), служившего с 1720 по 1724 год в России под покровительством Я. В. Брюса. Род был разорен, имение и земли Клакманнан проданы. Эта линия, Брюс оф Клакманнан, не оставила заметного следа в истории. Хроники фиксировали, как в семействе Клакманнан за столетия, прошедшие с XIV века, былые «королевские корни» заметно теряли силу. В последующих поколениях жизнь и дела их представителей, за немногими исключениями, остались лишь на страницах архивов, но не на страницах истории.
Однако представителей этого семейства чтили, как чтят национальные реликвии в память о поворотном моменте национальной истории. По традиции, в семье мужских потомков рода хранились шотландские национальные реликвии: двуручный меч короля Роберта I и его шлем с поля битвы при Баннокборне.
Я. В. Брюс, с его талантом исследователя, знал историю предков, в частности описание героической борьбы Вильяма Уоллеса. В его библиотеке была книга Джона Блейера, рассказывающая о борьбе шотландцев в конце XIII — начале XIV века
Яков Вилимович изучал историю Британии и ее правителей, о чем свидетельствует еще одна книга из его библиотеки английского историка Ричарда Бейкера
Для Брюса исторические документы шотландских предков представляли богатый материал, который он использовал в своей деятельности на благо России.
Яков Брюс и его старший брат Роман были достаточно хорошо осведомлены о шотландских родственных связях. Однако не «наследственное» баронское или «королевское происхождение» способно было формировать их как личности, а другие, реальные и сильные факторы, такие как суровый опыт жизни деда и прадеда, мужество и стойкость отца и матери, с честью выдержавших испытания на прочность в чужой стране и передавших детям большой жизненный потенциал.
Шотландские архивы дают представление о трех поколениях предшественников российских братьев Брюс: отце — Вильяме, деде — Роберте и прадеде — Джеймсе, ставших участниками бурных событий, связанных с Реформацией.
Большую роль в их судьбах сыграл полковник сэр Хенри Брюс (ок. 1578 — после 1648).
Прадед Джеймс Брюс (род. 1583) упоминается в дипломе на графское достоинство Я. В. Брюса, выданном в 1721 году. Джеймс Брюс оказался младшим, четвертым незаконнорожденным сыном седьмого барона Клакманнан. Сэр Хенри Брюс был его сводным братом. Вместе они участвовали в кровопролитной и долгой освободительной войне Нидерландов против испанского владычества.
Дед Якова Вилимовича, Роберт Брюс (ок. 1602–1651), — участник войны в Нидерландах и Тридцатилетней войны (1618–1648), неудачной «Экспедиции в Кадии», где он воевал прапорщиком в полку родного дяди, сэра Хенри Брюса, а затем в войне с Францией. Роберт Брюс умер в Кингхорне (округ Файф), оставив небольшую сумму денег своей дочери Маргарите, сестре Вильяма Брюса и своему младшему сыну Александру.
О Вильяме Брюсе, отце Якова Вилимовича, сведений сохранилось немного. Он родился в начале 1620-х годов, не получил образования. В ранней молодости, с 1638 года, участвовал в военном движении Конвента, а затем в роялистской армии Монтроза. Владел участком земли вместе со своим отцом Робертом на севере страны, под Фрезербургом. Затем арендовал участок земли в Файфе, где жили его близкие, в том числе его ближайший родственник, дед Питера Хенри Брюса (1692–1758), «любимого племянника» Якова Вилимовича, который по его приглашению прибыл в Россию в 1711 году и 13 лет служил под его покровительством, а затем стал автором известных «Мемуаров…», рассказывающих о его службе в России, Пруссии, Великобритании, путешествиях по Германии, России, Татарии, Турции и Вест-Индии [2].
Заслуги упомянутого выше полковника сэра Хенри Брюса, последние годы бывшего важной фигурой в секретной службе короля Чарлза I, сделали его хорошо известным в Гааге (Нидерланды), где базировался двор голландского штатгальтера Вильяма Оранского.