В то же время Яков Вилимович был равноудален от всех придворных группировок и старался не ввязываться в конфликтные ситуации. В одном из писем он стал опрометчиво поучать князя-кесаря Ромодановского, как правильно заготавливать лес. Федор Юрьевич обиделся, и Брюс поспешил сгладить ситуацию: «И я тебе, государю, о оном (лесе. —
Нельзя не отметить любовь Брюса к лошадям. Во многих письмах начальник артиллерии отдает различные поручения своим подчиненным, связанные с покупкой, обменом и лечением его собственных лошадей. Хорошая лошадь поднимала престиж владельца среди генералитета, высших офицерских чинов и польских магнатов. Брюс старался, чтобы его конюшня состояла только из породистых и холеных лошадей.
Узнав однажды, что купленный им жеребец приведен в Москву «гораздо хвор и несытен», Яков Вилимович спешно отправил инструкцию по его лечению. В ней явно прослеживается широкий кругозор этого человека, разбирающегося даже в ветеринарии. «Антимонию и селитры взять поровну и, истолча, просеять, дабы мелко было, и смешать хорошенько вместе. Потом взять горшок немалой, дабы та материа токмо половину оного заняли. Потом бросить на оную материю горящей уголь, от чего материя загорится, и пойдет дым великой, которого дыму беретца надлежит. А как перестанет гореть, то, простудя, истолочь намелко и давать оного порошка лошади по семи золотников на тощей живот чрез день недели з две. Вышеписанную материю надлежит на дворе жечь и, усмотрев с какой стороны ветр, с той стороны и человеку зажигающему стать, дабы ему дым в нос не попал. Ежели надеятся можно, что горшок крепок, то возможно оной покрыть доскою железною», — писал он своим подчиненным.
Многие письма Брюса содержат его распоряжения относительно содержания лошадей и ухода за ними. Так, например, только в Смоленске и Рославле стояло 50 лошадей, принадлежавших Брюсу. Из его личных средств была выделена сумма денег на покупку овса, лошади были «довольны кормом и сыты», а для профилактики болезней им выстригли уши и гривы. Чтобы спасти своих лошадей в Новгороде от падежа во время «конского мора», Брюс приказал управляющему переправить большинство из них в Москву.
Надо полагать, что Яков Вилимович вообще любил животных. Скучая в походе, Брюс просил прислать ему любимых собак. В письме А. Зыбина содержится информация об отправке начальнику артиллерии двух собак, одну из них звали Жучка.
Был Я. В. Брюс и в курсе дел в своих поместьях. Кроме полученных владений в Нарве (городской и загородный дом с землей) и дома в Немецкой слободе у Брюса за несколько лет его воеводства в Новгороде появилось домашнее хозяйство (дом, конюшни, сад и т. п.), которым также необходимо было управлять даже во время войны. Брюс вникал во все подробности этого управления, хотя основное бремя забот по хозяйству легло на плечи Марфы Андреевны. Новгородский управляющий М. С. Желобовский писал Брюсу: «А сколько в тех деревнях дворов и крестьян отказано за милость твою, и тому послал я с отказных книг выпись за дьячею рукою к Марфе Андреевне».
Еще в 1705 году от князя М. И. Вадбольского Яков Вилимович узнал о выморочных поместьях Федора Пущина, Ивана Клементьева и Юрия Негоновского в новгородских землях (всего более 1100 четвертей земли). В начале января 1706 года Вадбольский советовал «побить о поместьях челом».
Вероятно, тогда же Брюс, получив точные сведения о землях и крепостных крестьянах на них по писцовым и переписным книгам, обратился с челобитной об отдаче этих поместий ему. Учитывая, что по некоторым поместьям были тяжбы с дальними родственниками прежних владельцев и с Иверским монастырем, дело тянулось, по крайней мере до весны 1706 года.
Однако летом 1706 года новгородский управляющий М. С. Желобовский сообщал своему хозяину Я. В. Брюсу, что «в усадьбах у милости твоей по се число, дай Бог, здорово». Была засеяна яровая пашня даже больше, чем при прежних владельцах. Заканчивался посев ржи. Для домашнего обихода было заготовлено 1500 копен сена. Часть лугов была отдана под сенокос «на оброк». Жизнь крепостных крестьян в новгородских поместьях Брюса была, вероятно, лучше, чем у соседей. Так, бежавшие в Польшу крепостные помещика Ивана Нелединского прислали к управляющему имениями Брюса крестьянина для переговоров. Они хотели поселиться на новгородских землях Якова Вилимовича («семей с 20»). Скорее всего, в том же году Брюсу, по совету Желобовского, удалось отписать на себя и новгородский дом И. Клементьева.