11 февраля 1699 года состоялось шутовское освящение дворца Лефорта. Вот как это действие описал И. Корб: «Мнимый патриарх со всей толпой своею веселого клира освятил с торжественным празднеством в честь Вакха дворец, выстроенный на царский счет, который покамест именуется Лефортовым; шествие в этот дворец направилось из дома полковника Лимы. Что патриарх присвоил себе именно этот почетный сан, свидетельствуют его одеяния, подобающие первосвященнику: на его митре красовался Вакх полной наготой, напоминающий глазам о распутстве; украшениями посоха служили Купидон и Венера, так что сразу было известно, какое стадо у этого пастыря. Одни несли большие чаши, наполненные вином, другие — мед, третьи — пиво и водку, верх славы пламенного Вакха. Так как в силу зимней стужи они не могли венчать чело свое лаврами, то несли чаши, наполненные высушенным в воздухе табаком. Зажегши его, они обошли все углы дворца, испуская из дымящихся уст весьма приятный запах и угодное Вакху курение. Положив поперек одну на другую две трубки, привычкой втягивать дым из которых тешится даже самое небогатое воображение, комедийный архиерей совершил торжество освящения. Кто поверит, что составленный таким образом крест, драгоценнейший символ нашего искупления, является предметом посмешища?»
Пиршество продолжалось долго, причем его участникам «не позволялось уходить спать в собственные жилища. Иностранным представителям отведены были особые покои и назначен определенный час для сна, после которого устраивалась смена, и отдохнувшим надо было в свою очередь идти „в хороводы и прочие танцы“».
Собрания происходили во дворце Лефорта 16, 19 и 22 февраля до начала его смертельной болезни. Больше того, Б. И. Куракин утверждает, что в доме генерала происходило «пьянство великое», а поскольку Лефорт держал открытый стол, постоянно встречая гостей, выпивки там происходили ежедневно. Очевидно, различные утверждения, что эти собрания носили тайный характер, не имеют под собой почвы.
Лефорт скончался 2 марта 1699 года, и его дворец был подарен А. Д. Меншикову, при котором продолжались увеселения. Естественно, этот дом никакого отношения к Брюсу не имел, однако в одной из передач цикла «Искатели», посвященной тайнам Лефортовского дворца, именно Брюс заменил Лефорта в качестве организатора собраний «Нептунова общества». Это доказательно опровергается фактами биографии, интересами и занятиями Якова Вилимовича.
В марте 1699 года Брюс разъясняет Петру способ наблюдения за солнечным затмением, советует, какую выбрать избу, как наладить зрительную трубу, «…чтоб можно трубку на все стороны поворотить…», а 29 июля того же года он посылает Петру письмо с описанием инструмента для определения высоты Полярной звезды. В том же июле 1699 года он вместе с Адамом Вейде работает над составлением воинских артикулов, а затем сообщает Петру о присылке ему краткого описания законов шотландских, английских и французских о наследовании, а также материалы, «которые были у агленскаго короля у артиллерии на войне и во всем миру, такожды о их жалованьи поденном в войне и о годовом во время мировое».
Фактически Я. В. Брюс привез из Англии для Петра документы, которые стали вскоре основой для будущих преобразований. Кроме того, занятия астрономией становятся одним из главных увлечений сподвижника Петра. Именно в 1699–1701 годах происходит окончание строительства здания Сухаревой башни, которая приспосабливается под учебно-просветительское учреждение и обсерваторию. Поэтому работами по переоборудованию Сухаревой башни Брюс активно занимается именно в этот период. Ни о каких собраниях «Нептунова общества» в Сухаревой башне речи быть не могло. Мало того, работать в оборудованной им обсерватории Брюсу было просто некогда. Его деятельность была связана с военными походами и производствами, которые проводились далеко от Москвы, и к обсерватории на Сухаревой башне он, к сожалению, более не имел никакого отношения.