Особое внимание в библиотеке Брюса следует обратить на книги, связанные с оккультными и герметическими знаниями. Эта часть библиотеки Я. В. Брюса практически не освещена ни российскими, ни советскими исследователями, писавшими об истории науки и просвещения в России. Обычно исследователи ограничивались краткими упоминаниями о наличии таких книг в библиотеке Брюса либо вообще умалчивали о них. Остановиться на этой теме необходимо, поскольку одной из основных легенд о Якове Брюсе является легенда о Черной книге, которой якобы он владел. Это порождало суеверный страх при одном только упоминании его имени. Черную книгу, которая на самом деле не что иное, как очередная выдумка обывателей, искали в усадьбе, где Брюс жил последние восемь лет жизни, на Сухаревой башне, в доме на Разгуляе и в других местах. А в одной из легенд «Проклятый дом» повествуется о том, как князь Хилков овладел такой книгой Брюса и пытался раскрыть ее секрет. Естественно, подобные издания искали в библиотеке Я. В. Брюса. Так, побывавшая в 1992 году во время съемок телепередачи в музее Я. В. Брюса президент Лиги независимых астрологов К. А. Дилонян, познакомившись с частью списка, что называется, навскидку, заявила, что в нем около ста книг мистического характера или по герметическим и оккультным наукам.
В 2003 году, при подготовке первой книги о Брюсе, автор этих строк познакомился с молодым исследователем А. Свионовым, решившим провести разбор теперь уже полного списка, составлявшего 1579 томов на предмет выявления оккультно-мистической части библиотеки. Его исследование было опубликовано с указанием семидесяти трех книг, имеющих то или иное отношение к герметическим знаниям.
На поверку оказалось, что молодой автор выдавал желаемое за действительное, принимая лечебные и религиозные книги за герметическую литературу. Чего стоит, скажем, перевод названия книги Якобо де Ворагине
Также, к примеру, удивительно выглядит причисление к герметическим знаниям книги Эдисона Ланселота
Молодой исследователь так желал увеличить число мистических книг в библиотеке Брюса, что даже книгу по женской гинекологии Альберта Магнуса причислил к ним.
В общем, очередной миф, готовый появиться уже в наше время, о десятках книг по герметическим знаниям, которыми мог пользоваться Я. В. Брюс, рассыпался. Хотя, как правильно отметил один из исследователей, литература на эти темы издавалась в то время в огромном количестве. Однако Брюс ее игнорировал и имел всего несколько книг по данной тематике только для общего ознакомления, а не для глубокого изучения или использования.
Для подтверждения этого приведу наименования тех книг из библиотеки Брюса, которые имели отношение к разного рода «ненаучным» дисциплинам.
№ 777. Геомантические таблицы, на латинскомъ языке.
№ 1112. Совершенная геомантия или такъ называемая пунктирная наука, на немецкомъ языке, въ Фрейштаде. 1702, въ 12-ю долю листа.
№ 1326. Совершенная геомантия, на немецкомъ языке, въ Фрейштаде. 1704, въ 12-ю долю листа.
№ 458. Скрыпура Папернизона, Астрология, на немецкомъ языке.
№ 615. Филиамъ де Рамсъ, Острология, на немецкомъ языке.
№ 614. Филиамъ де Рамсъ, Физико-теология, на немецкомъ языке.
№ 811. Ключъ к астрологии, на латинскомъ языке, въ Лондоне. 1676.
№ 974. Астрологический календарь, на немецкомъ языке.
№ 1319. Фейнда, Козмография, на немецкомъ языке, въ Гамбурге. 1694, въ 12-ю долю листа.
№ 1320. Введение въ астрологию, на аглинскомъ языке, въ Лондоне. 1694, въ 12-ю долю листа.
В общей сложности 11 книг из 1579. Согласитесь, мизерный процент, который никак не претендует на то, чтобы эту библиотеку называть какой-то таинственной.