Знакомство братьев Брюсов с Петром I произошло после второго Крымского похода, во время Стрелецкого бунта. Братья оказались в отряде иноземцев, прибывшем под командованием генерала Патрика (Петра Ивановича) Гордона (1635–1699) в Троицкий монастырь. Яков Брюс в этом отряде служил поручиком.
В связи с этим нельзя не вспомнить телепередачу на канале «Звезда», выпущенную в 2006 году. Авторы сюжета о Брюсе «Тайны времени» заметили между прочим: «Поддержка Брюса обеспечила победу Петра в противостоянии с Софьей». Молодой поручик обеспечивает победу?! — Чушь!
В упомянутой передаче телезрителям сообщили множество различных выдумок. Чего стоит, например, приписываемая Брюсу и используемая в качестве эпиграфа к сюжету фраза: «Читаю в звездах тайну бытия, судьбу людей, прошедшее и будущее время…» Автор этой фразы С. Безбородный, сочинивший за Брюса уже в наше время «Астрологическую карту Москвы». Рассказывая о разрешении конфликта между Петром и Софьей, он пишет: «Брюсу было всего 19 лет, когда он астрологически точно рассчитал время для удачного штурма, лично поехал за Петром в Сергиев Посад, привез его в Москву. При поддержке полковника Лефорта они одержали победу и заточили Софью! Кто знает, как сложилась бы судьба Петра и России, не вмешайся в ход событий профессиональный астролог…» Нужно ли объяснять, что это опять-таки полнейшая чепуха. Петр Алексеевич познакомился с Францем Яковлевичем Лефортом лично, только когда тот с «горсткой солдат пришел в Троицкий монастырь». Именно после этих событий, в 1689–1690 годах, посещая в Немецкой слободе ставшего ему другом и старшим товарищем генерала Патрика Гордона, царь подружился с Францем Лефортом (1656–1699).
За поход к Троицкому монастырю, где участвовал и отряд иноземцев, которые и «государское здоровье оберегали и в людских харчах и в конских кормах великую нужду и убытки терпели», Брюс был пожалован поместьем от 160 до 270 четвертей земли и деньгами от 16 до 37 рублей.
Вполне возможно, что тогда Яков Вилимович мог заинтересовать Петра, привлечь его внимание незаурядными способностями. Судя по личным письмам Брюса более позднего времени, он уже тогда, в конце 1680-х годов, занимался астрономическими наблюдениями, о чем свидетельствует сообщение в письме Петру, датированном 1716 годом о том, что им (Брюсом) «усмотрены» пятна на Солнце, каких «уже с 30 лет не видно было» и он их «от роду своего впервые увидел». Пока факт проведения таких исследований Брюсом в 1680-е годы можно высказать только в качестве предположения.
Яков Брюс был на три года старше Петра I. Они были людьми одного поколения. Возможно, это и повлияло на их сближение в 1690-е годы. Во всяком случае, по духу, по стремлению всегда постигать что-то новое, чему-то постоянно учиться они были, безусловно, схожи.
Конечно, говорить о том, что поручик Брюс и молодой царь сразу стали близки друг другу излишне. Служба Якова Вилимовича проходила под непосредственным командованием Патрика Гордона, который, как следует из его дневника, 17 сентября 1689 года был вызван царем в Александровскую слободу, где показывал ему учение солдат. 18-го Гордон проводил перед государем конное учение и боевую стрельбу. Такие же учения проходили 19-го в десяти верстах от слободы в Лукьяновой пустыни, 20 и 21 сентября — в поле. В этих «марсовых потехах» поручик Брюс, безусловно, принимал участие.
В начале октября, после переселения Софьи в Новодевичий монастырь, Петр вместе со свитой и войсками возвращается в Москву. В этот период происходят новые назначения на государственные должности и учреждение полков, которым в будущем суждено будет вытеснить стрельцов. Всего было учреждено четыре полка, в каждом из которых было по восемь тысяч человек. Первый — Гордона, второй — Лефорта, третий — Преображенский, четвертый — Семеновский. Позже Преображенский полк был распределен по кораблям на морскую службу.
Жизнь в Москве сопровождалась смотрами и учениями. Так, 22 февраля 1690 года, по случаю рождения наследника престола Алексея, в Кремле прошел смотр полков, закончившийся стрельбой. На следующий день, в воскресенье, совершено было над царевичем таинство крещения в Чудовом монастыре, а в четыре часа пополудни приходили с поздравлением два солдатских и остальные шесть стрелецких полков с той же церемонией, что и накануне.