Оказавшись вне членов Верховного тайного совета, которые были такими же, как Брюс «птенцами гнезда Петрова», Яков Вилимович обратился к Екатерине I с просьбой о выдаче ему жалованной грамоты с подтверждением его заслуг. Видимо, Яков Брюс не мог рассчитывать на дальнейшее расположение к нему членов Верховного тайного совета и поэтому решил заручиться документом — поддержкой самой императрицы. Вообще необходимо отметить, что в истории России это был первый случай, когда выдавалась жалованная грамота по просьбе ее получателя. Брюс и в этом создает прецедент.
Для Екатерины I, видимо, было понятно уже тогда, что Яков Брюс собирается уходить в отставку, благо ей не нужно было делать это самой. Тем более что генерал-прокурор П. И. Ягужинский, подавая императрице сочиненную им «Записку о состоянии России», отмечал: «Не малый апартамент в государстве артиллерия, а генерал-фельдцейхмейстер уже весьма ослабел, а на его место не токмо кто видится быть достоин, но ниже и в помышление приходит кому, чтоб на его место человека заранее усматривать» [100].
31 марта 1726 года Брюсу была выдана жалованная грамота императрицы. По всей видимости, оценив масштабность всего, что было сделано Брюсом в петровское время, императрица жалует ему чин генерал-фельдмаршала. После этого Яков Вилимович подает прошение об отставке и получает ее со всех военных и государственных постов 6 июля 1726 года в возрасте 57 лет.
Брюс вместе с женой выезжает из Санкт-Петербурга в Москву, где он владел одним домом, тем самым, подаренным в 1706 году светлейшим князем А. Д. Меншиковым в Мясницкой части. Он подыскивает место под Москвой, где можно было бы найти уединение. Таковым оказалось Глинково (Глинки).
27 апреля 1727 года Я. В. Брюс приобретает за 4500 рублей серебром у князя А. Г. Долгорукова усадьбу в 42 верстах к востоку от Москвы у впадения реки Вори в Клязьму. Здесь он отстраивает новый усадебный комплекс. С этой усадьбой, старейшей из сохранившихся в Подмосковье, связаны последние восемь лет его жизни.
—