Летом 1705 года шведское командование предприняло новую попытку овладеть Петербургом комбинированной атакой с моря и суши. Но и на этот раз замысел противника не осуществился. Сильная неприятельская эскадра в составе двадцати двух вымпелов под командованием адмирала Анкерштерна безуспешно пыталась овладеть Кроншлотом, уничтожить русский флот и прорваться к Петербургу. Историк XIX века А. С. Чистяков писал: «…чтобы затруднить плавание и частью с целью обмануть шведов, поперек всего фарватера, перед русским флотом были устроены плавучие рогатки, которые держались на якорях и издали, с моря походили на мачты, вбитые в землю, или мачты затопленных кораблей, так что казалось, будто никакого проезду нет».
Правда, А. С. Чистяков допустил неточность, приписав фокус с рогатками, имитировавшими мачты затопленных кораблей, Якову Вилимовичу Брюсу. (Кто как не легендарный Яков Брюс мог такое придумать!) Но это сделал его старший брат Роман [7].
Неудачными были действия и десятитысячного отряда шведов во главе с И. Майделем. Его намерение захватить Шлиссельбург и атаковать Петербург с суши было сорвано активной обороной русских войск во главе с генералом Р. В. Брюсом. Шведы понесли большие потери и были отброшены к Выборгу. Так, обер-комендант Санкт-Петербурга Роман Вилимович Брюс смог отстоять важный форпост России в устье Невы.
Шведский генерал-лейтенант Майдель писал 24 июля 1704 года: «Петербург очень хорошо основан и укреплен, его положение таково, что он может стать одновременно и сильной крепостью, и процветающим торговым городом…» Эта справедливая оценка будущей столицы России была подтверждена деятельностью таких военных и государственных деятелей, каковым был обер-комендант Санкт-Петербурга Роман Вилимович Брюс.
Роман Вилимович прикладывает максимум усилий при строительстве крепости и города. Он собирает каменщиков и плотников со всей Новгородской области. Санкт-Петербург строили солдаты и осужденные преступники. На Брюса это возлагало особую ответственность.
Недалеко от крепости, на правом берегу Невы, был построен Домик Петра, кроме этого были выстроены Зимний и Летний дворцы. (Эти сооружения были деревянные и большой роскошью не отличались.) Во многом это соответствовало вкусу Петра I, который особо не терпел просторных комнат и высоких потолков. Саженях в двадцати пяти от Домика Петра был построен обширный дом для губернатора Санкт-Петербурга, светлейшего князя А. Д. Меншикова, он назывался посольским, потому что Петр принимал здесь иностранных послов.
За домом Меншикова стояли дома Г. И. Головкина, Я. В. Брюса, П. П. Шафирова, заложенные в 1704–1705 годах.
Романа Брюса связывали с А. Д. Меншиковым не только служебные отношения: начальник — подчиненный. Совершенно очевидно, что отношения были и дружескими. Не случайно, когда у Романа Брюса в 1704 году родился сын, его крестным отцом стал светлейший князь.
Обер-комендант Санкт-Петербурга не только строил и защищал город. Он командовал воинскими частями, воевавшими в Прибалтике и Финляндии.
В 1710 году Роман Брюс в звании генерал-майора командует частями при осаде Выборга. Ему было поручено самое сложное в инженерном отношении место осады. В 12 верстах от Выборга, в самом узком месте пролива Тронгзунд, необходимо было построить два шанца — выдвинутые укрепления, на которых разместится батальон солдат, — а затем соорудить береговые батареи, которые должны были воспрепятствовать подходу шведского флота на помощь осажденной крепости. Работы проводились в условиях сильных морозов на каменистом грунте. Для возведения брустверов приходилось использовать даже мешки с шерстью. Блокировка Выборга с западной стороны Р. В. Брюсом и с восточной — войсками генерала Беркгольца обеспечила полную изоляцию Выборга от Финляндии.
Осада Выборга завершилась капитуляцией крепости без Штурма 13 июня 1710 года. После этого генерал-майор Р. В. Брюс с войсками был переброшен под Кексгольм (Корелу). Овладение этой крепостью на противоположной стороне Карельского перешейка должно было закрепить победу под Выборгом. После более чем двухмесячной осады 8 сентября 1710 года гарнизон Кексгольма капитулировал.
За участие в этих походах Роман Брюс был награжден парсуной — портретом Петра, усыпанным алмазами.
В 1713 году Р. В. Брюс, командуя пехотным полком численностью в четыре тысячи человек, принимает участие в высадке русского десанта на реке Пелкина. Эта операция особая. Командующий десантным отрядом генерал-лейтенант М. М. Голицын перед началом операции впервые в военной истории разрабатывает письменную диспозицию об атаке десанта в озерных условиях. Кроме того, в этом бою русские войска применили новые для того времени способы ведения боя: сочетание фронтального удара с обходом фланга противника путем высадки десанта, решительный штыковой удар, атака колонной. Причем фронтальный удар в центр неприятельской армии нанесли после переправы на плотах пехотные полки Головина и Брюса.