Оставалось провести войсковые испытания с целью найти наилучшие способы применения самолета, а также сравнить его возможности с возможностями самолетов врага. Испытания проводили в 91-м ИАП, который входил в состав 2-й воздушной армии. Проходили они в районе Львова в период с 20 июня по 2 августа 1944 года. Полк был сильной частью, имевшей гвардейский штат машин — 41 Як-3. Более половины пилотов полка были опытными летчиками. В ходе испытаний имели место три воздушные битвы, в которых истребители сбили три Ju 87, четырнадцать Bf 109 и шесть Fw 190А. Немцам удалось сбить только два Яка, еще три самолета стали жертвой немецкой зенитной артиллерии. Однако все пилоты смогли дотянуть до своей территории. То есть, полк терял всего один самолет на 19 боевых вылетов, что даже предвзятые западные историки считают хорошим результатом. Новый Як лучше всего подходил для борьбы с истребителями противника. Из-за небольшого радиуса действия самолет не целесообразно было использовать для прикрытия поля боя, патрулирования и сопровождения бомбардировщиков — среднее время полета составляло 45 минут (при этом в баках оставалось 20 % топлива).
Военные также подтвердили, что шасси самолета следует усилить, поскольку отмечались случаи подлома стоек во время взлета и посадки самолета.
В небольших количествах выпускались специализированные модификации самолета Як-3.
Як-3ПД
Модификация появилась в апреле 1944 года. Это был высотный истребитель, оснащенный двигателем ВК-105ПД с двухступенчатым наддувом. Расчеты показали возможность достигнуть потолка 12900 метров. На высоте 5000 метров максимальная скорость составляла бы 656 км/ч, высоту 10000 метров самолет набирал бы за 10,8 минут. Практические характеристики оказались немного хуже расчетных. В январе высотный двигатель установили на планере Як-3 (36–20). В феврале провели два пробных полета. Удалось достичь высоты лишь 9000 метров, после чего давление топлива упало до нуля. 19 февраля 1945 года самолет передали в ЛИИ. Тут он получил новый двигатель с наддувом Э-100, а испытания продолжались до 5 мая 1945 года. Кроме того, самолет получил новое вооружение, состоявшее из пушки НС-23 (60 выстрелов). Размах крыльев увеличили на 60 см. двигатель вращал винт ВИШ-105Л-2 диаметром 3 метра. Хотя самолет имел потолок 11500 метров, на практике лететь горизонтально на высотах более 10000 метров истребитель не мог из-за перегрева двигателя.
Работы по созданию высотной модификации Яка-3 велись и на базе машины 44–19, выпущенной на заводе № 292. Истребитель оснастили двигателем М-105ПВ и винтом ВИШ-105ТЛ-2, в конструкцию самолета внесли ряд других изменений. Заводские испытания продолжались с 29 сентября по 7 октября 1944 года. На них не ставилось целью достичь максимального потолка, а шло исследование работы двигателя и измерение скорости полета на разных высотах. Кроме того, аналогичные испытания проводились со стандартным винтом ВИШ-105СВ-01. Двигатель работал неустойчиво, поэтому и эту машину отправили в ЛИИ.
Тут на машину установили новый двигатель ВК-105ПВ с наддувом Э-100, а также внесли в конструкцию машины ряд других изменений. В результате самолет смог подняться на высоту 13300 метров. Возросла и скорость самолета — на 11000 метрах истребитель развил 710 км/ч. Вооружение состояло из пушки НС-23 (60 выстрелов), взлетная масса 2625 кг.
Несмотря на обнадеживающие результаты Як-3ПД с двигателем ВК-105ПВ в серию не пошел, хотя испытания его продолжались до 1947 года.
Як-3П с ВК-105ПФ2