После двух лет испытаний и доводки Постановлением СМ № 314—157 от 13 апреля 1962 г. система К-11 была принята на вооружение. Дальность обнаружения работающих РЛС составляла 270—350 км, пуск мог выполняться с дальности 160—170 км. Радиус действия комплекса Ту-16К-11 составлял до 2000 км, а вероятность поражения цели – 0,8—0,9.
В такой вариант переоборудовали 156 бомбардировщиков Ту-16А и ракетоносцев Ту-16КСР-2.
Вскоре последовало решение о внедрении унифицированной системы, сочетавшей оба комплекса К-11 и К-16 – К-11—16. Это обеспечивало более рациональную эксплуатацию близких по устройству комплексов, одновременно расширяя их возможности. Ракетоносец Ту-16КСР-2—11 мог нести ракеты обоих типов, при этом сохраняя возможности бомбардировщика.
Дальнейшим развитием ракетного оружия стал авиационно-ракетный комплекс К-26, работы над которым начались согласно Постановлению СМ № 838—357/сс от 11 августа 1962 г. Бортовая аппаратура комплекса на основе станции «Рубин» объединялась в систему управления «Взлет». Работы по самолету-носителю вело туполевское ОКБ-156, разработку ракеты осуществляло дубнинское ОКБ А.Я. Березняка.
Ракетоносец Ту-16К-26, предназначенный для поражения морских и наземных целей, а также работающих РЛС, должен был обеспечивать применение как новых ракет КСР-5 комплекса К-26, так и существовавших КСР-2 и КСР-11. В основу управления КСР-5 был положен принцип активного самонаведения с помощью радиолокационной ГСН, осуществлявшей управление по курсу и тангажу и программное управление по высоте на траектории. После пуска ракета осуществляла автономный полет с разгоном, набором высоты с выходом в стратосферу, маршевым участком на большой высоте и пикированием при сближении с целью.
КСР-5 – сверхзвуковая ракета класса «воздух – поверхность», большой дальности, с фугасно-кумулятивной или ядерной БЧ. Захват цели ГСН КСР-5 осуществлялся до отцепки ракеты с дальности не менее 300 км. Летные испытания комплекса К-26 начались в октябре 1964 г. 12 ноября 1969 г. Постановлением СМ № 882—315 комплекс К-26 был принят на вооружение ДА. Серийный выпуск ракеты КСР-5 и ее вариантов был налажен на Смоленском авиазаводе.
Пocлe обнаружения цели РЛС носителя (300 км) осуществлялся ее захват и автосопровождение ГСН ракет. С учетом контрольных операций и времени на принятие решения рубеж пуска КСР-5 с больших высот составлял до 280 км. На высоте 18 000 м ракета начинала стабилизацию по высоте с включением маршевого режима ЖРД и переходом в горизонтальный полет на высоте 22 500 м. За 60 км до цели ракета переходила в пологое пикирование.
На базе КСР-5 были созданы также модернизированный вариант КСР-5М комплекса К-26М для борьбы с малоразмерными сложными целями, обладавший повышенными точностными характеристиками, и низковысотный комплекс К-26Н с ракетами КСР-5Н. В комплексе К-26М использовалась новая РЛС «Рубин-1М», обладающая повышенной дальностью обнаружения (до 450 км) и улучшенной разрешающей способностью. При этом антенна РЛС была установлена в грузоотсеке, под которым был смонтирован объемистый каплевидный обтекатель.
Постановлением СМ № 123—43 от 7 февраля 1964 г. было задано создание комплекса К-26П с ракетами КСР-5П, оснащенными пассивной ГСН. Опытный Ту-16К-26П вышел на заводские испытания летом 1967 г. Постановлением СМ № 643—205 от 4 сентября 1973 г. комплекс K-26П приняли на вооружение. Комплекс К-26П позволял поражать радиоизлучающие цели одиночным и залповым пуском обеих ракет в одном заходе, а также выполнять атаки по двум различным целям. Ракеты после пуска наводились полностью автономно.
Помимо ракет КСР-5П комплекс К-26 обеспечивал применение ракет КСР-11 аналогичного назначения и полностью сохранял ударные возможности с использованием ракет КСР-5, КСР-2 и бомбового вооружения. С разработкой и установкой усовершенствованной аппаратуры целеуказания головкам ракет AMII-M комплекс получил наименование К-26ПМ, возможности комплекса были расширены.
Поскольку производство Ту-16 завершилось еще в конце 1963 г., все носители под комплекс К-26 переоборудовались из уже находившихся в строю самолетов. Освоение К-26 шло без особых проблем. Комплекс К-26 обладал значительными возможностями и боевой эффективностью, позволяя поражать как морские, так и наземные цели. Ко времени принятия на вооружение его ракеты были практически несбиваемыми не только имевшимися, но и перспективными средствами ПВО противника, и это положение сохранялось до начала 80-х гг. В конце 80-х гг. в ДА было девять полков, на вооружении которых стояли Ту-16, преимущественно комплекса К-26.
Ракетоносец был доработан бомбардировочным вооружением, что позволяло ему нести бомбы на внешней подвеске вместо ракет. В таком варианте он мог брать до 40 ФАБ-250.
Авиационно-ракетный комплекс К-26 был снят с вооружения в 1994 г. вместе с носителем Ту-16.
В 1970 г. за создание ракетного комплекса К-26 коллектив сотрудников во главе с А.Я. Березняком был награжден Государственной премией. Разработка комплекса К-26П была отмечена Госпремией за 1977 г.