Заводы ежедневно выкатывали на приемную стоянку самолеты. Для ускорения их перегонки в части от 185-го гв. тбап была выделена группа экипажей. Для ускорения подготовки экипажей на Ту-4 была привлечена Высшая офицерская школа экипажей Дальней авиации в Рязани.
Часть самолетов Ту-4 были модернизированы в вариант разведчика. В Ту-4Р в бомбоотсеках устанавливали фотоаппараты АФА-33 или АФА-33М с 1000-мм объективами, позже стали применять и другую технику, например, ночной НАФА-5 с/100. Объем бомбоотсека позволил установить самые большие кассеты, вмещавшие 190—195 кадров фотопленки размером 300 × 300 мм.
В начале 50-х гг. в набор оборудования Ту-4Р была включена станция радиоразведки ПР-1, способная засекать локаторы, работающие в диапазонах от «А» до «Д» (от 150 до 3100 МГц). Кроме того, она могла определить направление на них и «глушить» РЛС противника «шумовыми» помехами в диапазоне «Д» – от 2600 до 3100 МГц (из-за этого ее иногда называли ПР-Д). С 1954 г. Ту-4Р начали комплектоваться широкополосными помеховыми станциями СПС-1. Кроме того, в бомбоотсеке можно было разместить устройство для постановки пассивных помех ДОС, обеспечивавшее выброс дипольных отражателей в виде станиолевых лент или коротких стеклянных иголок с металлическим покрытием. Обслуживали станции ПР-1, СПС и установку ДОС офицер по радиопротиводействию и борттехник службы помех. Станция ПР-1 ставилась вместо коек для отдыха.
В каждой воздушной армии был выделен дальний разведывательный полк на Ту-4, некоторые бомбардировочные полки переоснастили разведчиками и полностью переключили на выполнение задач радиопротиводействия. Одним из них был 202-й тбап в Миргороде.
Самолет Ту-4 в период 1949—1958 гг. был на вооружении 24 полков ДА: 121, 200, 203, 52, 840, 402, 251, 132, 183, 184, 454, 199, 341, 185, 1225, 1229, 26, 444, 303, 19, 18, 202, 175, 260. Самолет был очень надежным, за время его эксплуатации в ДА произошло всего пять катастроф: в 203, 184, 199, 454 и 251-м тбап.
Выпущенный в марте 1952 г. последний Ту-4 в октябре 1958 г. был посажен на аэродроме Монино летчиком Алтуховым и передан в музей ВВС. Этим полетом была поставлена точка в истории первого стратегического самолета-носителя СССР. На смену ему шел реактивный Ту-16.
Авиационно-ракетный комплекс «Комета»
Для разработки авиационного ракетного комплекса класса воздух – море в 1947 г. было создано головное КБ-1 под руководством Л.П. Берии. Микояновское ОКБ-155 было крайне загружено основной «истребительной» тематикой, и с целью налаживания работ по самолетам-снарядам, постройки опытной серии и освоения производства, в соответствии с Постановлением СМ СССР от 1 сентября 1951 г., эти задачи передавались на подмосковный завод № 1 в г. Иваньково (ныне Дубна), где в то время завершалась работа вывезенных из Германии специалистов и освобождались производственные площади. Приказом МАП № 1010 там был организован филиал № 2 ОКБ-155, руководителем которого стал Я.И. Березняк.
Комплекс «Комета» включал доработанный самолет-носитель Ту-4КС и самолет-снаряд КС-1.
22 января 1953 г. результаты испытаний обсуждались в присутствии Сталина, а вскоре ракетная система «Комета» была принята на вооружение. По их результатам Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3.02. 1953 г. летчикам-испытателям Анохину С.Н. и Павлову В.Г. были присвоены звания Героя Советского Союза. Им и дважды Герою Советского Союза Ахмет-хану Султану, получившим за испытания орден Ленина, была присуждена Государственная премия СССР (50 тыс. руб.) и в последующем присвоены звания «Заслуженный летчик-испытатель СССР».
Со смертью Сталина и арестом Л.П. Берии его сын и другие руководители КБ-1 были отстранены от дел. Ведущая роль в работе над «Кометой» постепенно перешла к подмосковному филиалу ОКБ-155 во главе с А.Я. Березняком, где развернулось серийное производство ракет. 2 июня 1953 г. завод № 1 был переподчинен МАП, получив № 256 (впоследствии ПО «Радуга»).
В декабре 1953 г. строевым экипажем был выполнен первый пуск ракеты КС-1. Вероятность поражения цели ракетой КС в полигонных условиях при отсутствии помех достигала 80 %.
Дальний реактивный бомбардировщик-ракетоносец Ту-16
29 августа 1949 г. СССР провел испытания ядерной бомбы РДС-1 и начал подготовку к серийному производству бомбы РДС-3. Требовался дальний бомбардировщик, способный доставить к объектам это изделие на Европейском театре военных действий с учетом того, что его вес превышал пять тонн. Кроме того, для ядерного боеприпаса требуется подогреваемый бомболюк, а самолет должен иметь защиту от воздействия поражающих факторов ядерного оружия.