Обеспечением безопасности стратегических тылов, как таковым, группа Гюнше также почти не занималась. Приходилось попутно, в порядке переподчинения, выполнять отдельные задания и приказы вышестоящих органов имперской безопасности и абвера. Эти задания и приказы сводились главным образом к заградительным действиям в тех районах, через которые шла переброска войск и боевой техники в сторону фронта во время крупных наступлений вермахта. В таких случаях зондеркоманда на несколько дней оседала в каком-нибудь крупном населённом пункте, и кочевая, пропахшая бензином и пылью дорог жизнь на эти дни относительно стабилизировалась. В этих мелких операциях и побочных заградительных действиях обер-лейтенант постепенно готовил свою команду к основному виду её будущей деятельности — к тому, что при первом знакомстве с Крысиным он назвал «окончательным решением национального вопроса на местах». Тайного смысла, заключённого в этом странном слове — «окончательное», — Крысин долго не мог понять.
Правда, если бы Крысин хорошо знал немецкий язык (элементарно объясняться он уже умел — вокруг всё время были немцы), то из ежедневных и весьма обстоятельных разговоров Гюнше по телефону с Берлином он мог бы уже уяснить себе, что обер-лейтенант, во-первых, является не просто обыкновенным офицером службы СД, а во-вторых, возлагает на будущую деятельность своего отряда не только оперативные, но и в какой-то степени даже идеологические задачи. В Берлине доктор антропологии Вальтер Гюнше считался крупным специалистом по одному из главных разделов расовой теории фюрера. Ещё за несколько лет до начала военных действий в России аспирант исторического факультета Берлинского университета Вальтер Гюнше попал в сферу внимания будущего руководителя рейхскомиссариата по консолидации германского народа обергруппенфюрера СС Ульриха Грейфельда. Обергруппенфюрер, хорошо знавший семью Гюнше, рекомендовал молодому историку сосредоточить свои научные усилия на той части учения фюрера, где говорилось о неспособности славянской расы создавать самостоятельные государства. Научный руководитель Гюнше профессор Хетлинг направил интересы своего аспиранта в ещё более узкое русло — участие норманов и тевтонов в образовании Российской империи. Этой теме и была посвящена диссертация будущего доктора антропологии. Главная «геополитическая» идея диссертации была сформулирована её автором в полном соответствии с учением фюрера следующим образом: необходимо положить предел вечному движению германцев на юг и на запад Европы. Нордический взор немецкой расы должен быть обращён на восток, к России, на территориях которой будет наконец решена проблема недостаточного «жизненного пространства» германского народа. Свои теоретические выкладки диссертант подкреплял практическими рекомендациями: сплошная германизация славянского населения восточных районов; устранение вредного влияния тех враждебных элементов из числа местных жителей, которые будут представлять опасность для рейха; создание на востоке нового немецкого населения, единообразного в своём расовом, а следовательно, в интеллектуально-физическом и национально-политическом отношении.
Защита диссертации прошла блестяще — Вальтеру Гюнше была присвоена учёная степень доктора антропологии.
В дальнейшем молодой профессор успешно сотрудничал в отделе планирования рейхскомиссариата по консолидации германского народа под руководством обергруппенфюрера СС Ульриха Грейфельда. Одновременно он продолжал свою научную деятельность в Берлинском университете и принял непосредственное участие в разработке документов, которые были положены в основу «Генерального плана ОСТ». В годы военных испытаний, как истинный немецкий патриот, доктор Вальтер Гюнше добровольно сменил университетскую кафедру и профессорскую мантию на военный мундир, благо его гражданская, теоретическая специальность приобретала в это время всё больший практический спрос. В завершение своих научных изысканий Гюнше предложил в качестве офицера личные услуги одной из вновь создаваемых на Восточном фронте эйнзатцгрупп. (Такие группы были образованы при штабе каждой полевой армии на русском театре военных действий. Задачей их было обеспечение безопасности на оккупированных территориях и практическая реализация «Генерального плана ОСТ».)
Предложение Гюнше было принято, и он, руководствуясь давними идеями своей «геополитической» диссертации, заручившись поддержкой Грейфельда и Хетлинга, а также действуя в прямом контакте с начальником эйнзатцгруппы «Д» Отто Олендорфом, приступил к формированию личного состава своей специальной зондеркоманды.