Находясь в заточении, Атауальпа долго думал над тем, как выбраться на свободу. Зная о жажде денег своих надзирателей, он предложил им «продать» ему свободу за все богатства инков. Писарро и его приближенные решили принять от верховного вождя выкуп золотом. Это золото должно было заполнить огромный ящик высотой в 10,5 испанской стопы, что примерно было равно 2,94 м. Кроме того, за свободу Атауальпы было обещано дать вдвое больше серебра. При этом выкуп, по условию, должен был быть перенесен в Кахамарку не менее чем через два месяца. Спустя сутки во все концы земли инков устремились караваны лам, которые возвратились обратно ровно через 60 дней, груженные слитками золота и серебра, а также драгоценными камнями. Но, несмотря на столь обильную добычу, испанцы не захотели отпускать Атауальпу. Он оставался в лагере конкистадоров еще долгих восемь месяцев.
Однако, даже находясь в плену, Атауальпа оставался единственным вождем, которому беспрекословно подчинялись инки. В одном из посланий к ним вождь писал о том, чтобы никто из инков не смел чинить препятствия конквистадорам и, кроме того, они должны были выполнять то, что прикажет им глава испанского войска Писарро.
К середине 1533 года выкуп за верховного вождя инков был полностью собран. Комнаты дома Писарро оказались буквально заваленными уникальными произведениями ювелирного искусства. Однако для алчных испанцев это был лишь драгоценный металл. Поэтому едва украшения появились у Писарро, он тут же велел переплавить их в слитки.
Пятую часть выкупа решено было перевезти в Испанию в дар королю. Остальное же досталось армии Писарро. Пожалуй, нет необходимости говорить о том, что значительная доля всех богатств инков оказалась у Писарро и лишь малая часть была отдана приближенным и солдатам. Несмотря на то что конкистадоры были довольны выкупом, Атауальпа все же был казнен.
Нужно отдать дань справедливости и сказать о том, что казнь верховного вождя инков была встречена неодобрением со стороны испанских властей, находившихся как в Испании, так и в Панаме. Сам король Карлос отправил Писарро послание, в котором пожурил первооткрывателя за самовольный поступок. Он сказал о том, что вождь был монархом, власть которому дал Бог, а потому простой смертный (каким был Писарро) не имел права лишать жизни человека, посланного на землю Всевышним и наделенным Божественной силой.
Как бы то ни выглядело со стороны официальной власти, но Атауальпа был казнен. Однако и после его смерти инки все еще пытались вернуть своему народу свободу. Так, например, конкистадорам пришлось отбиваться от отряда инков, повстречавшегося им на пути во время 800-мильного перехода по Великой дороге, ведшей из Кахамарки в Куско.
Тогда солдатам во главе с Писарро пришлось дать четыре сражения. Инки показали себя отважными и храбрыми воинами. Однако преимущество было все же на стороне иноземцев. Дело в том, что, как уже было сказано выше, помимо пехотинцев, в отряде были и всадники. До той поры индейцы никогда не видели лошадей. А потому для них главной целью было убить преследовавшее их животное, нежели уничтожить врага, сидевшего в седле. Конкистадоры пользовались своим преимуществом, оставляя за собой десятки трупов. Говорили, что на каждого испанского солдата тогда приходилось по несколько сотен инков.
Таким образом, 15 ноября 1533 года отряд Писарро вошел в главный город инков, Куско. Для того чтобы укрепить власть, он решил сделать своим наместником инка Манко, который был сыном одного из вождей Уайна Капаки. В самом начале 1534 года провели коронацию Манко и оставили его властвовать в Куско. Сажая его на трон, Писарро надеялся на то, что тот станет своеобразной марионеткой в его руках, которой будет легко управлять и диктовать свои условия.
Прошло несколько лет. К тому времени Писарро достиг пятидесятилетнего возраста и стал, по существу, единоличным владельцем огромной территории, которую ранее занимали поселения инков. Кроме того, в то время он обладал несметными сокровищами, награбленными у местных жителей. Все украшения были переплавлены в слитки и разделены между участниками походов (в числе которых был, конечно же, и Писарро).
Но одними деньгами власть над людьми купить невозможно. Для этого требуется еще определенный склад характера, ум и хитрость. Такой нрав и имел Писарро. Для того чтобы удержать разбогатевших испанцев на новой земле, он наградил каждого из них 1000 индейцев, которые должны были беспрекословно подчиняться своему господину.