В этот момент советское руководство еще раз задумалось о походе в Бессарабию. 12 июня в Тирасполе состоялось объединенное заседание командования войск и представителей Советской власти в районах, прилегающих к Бессарабии. Обсуждали возможность похода в Бессарабию с точки зрения боевой готовности частей Красной Армии и способности железнодорожного и гужевого транспорта обеспечить снабжение войск боеприпасами, оружием, продовольствием и фуражом. Котовский в своем выступлении назвал политическое и в особенности военное положение как крайне неустойчивое, но выступил за скорейшее наступление на Бессарабию, еще до начала жатвы, а также с учетом того, что румыны еще не успели подтянуть резервы, скованные боями в Венгрии. Однако развитие наступления Деникина, овладевшего 24 июня Харьковом, а 30 июня – Царицыным, заставило Красную Армию отказаться от похода в Бессарабию. Также войска УНР, потеснив советские войска, вышли к 1 июля на линию Старо-Константинов – Новая Ушица – Могилев-Подольский. Вскоре петлюровцы захватили Жмеринку, нарушив связь Одессы с Киевом.
45-й стрелковой дивизии 12-й армии пришлось оборонять трехсоткилометровый участок фронта от Маяков (левый фланг) до Ямполя по берегу Днестра, а затем по линии железной дороги до Волочиска. Бригаде Котовского достался участок фронта от устья реки Окны до села Дороцкого.
Вскоре бригаде пришлось подавлять крестьянское восстание в старообрядческих селах Плоское, Малаешты и Бутор. Восстание удалось ликвидровать только с большими потерями и при помощи артиллерии, стрелявшей прямой наводкой. У повстанцев захватили одно орудие и четыре пулемета. Многие бойцы бригады были родом из восставших сел, и тем ожесточеннее была борьба. При артобстреле Плоского был разрушен дом командира 400-го полка котовцев Н. Н. Колесникова и был убит его пятилетний сын.
10 июля бригада Котовского, переименованная в 12-ю бригаду 45-й дивизии, выбила петлюровцев из Жмеринки. Но уже через два дня войска УНР вновь перешли в наступление, ударив в стык 44-й и 45-й дивизий и опять перерезав железную дорогу Одесса – Жмеринка. Украинские войска здесь возглавлял полковник Юрий Иосифович Тютюнник, с которым Котовскому предстояло еще не раз встретиться. Бригада Котовского нанесла контрудар и захватила Ямполь. Однако входивший в бригаду полк матроса-анархиста Стародуба перепился, не выставил боевое охранение и был почти полностью уничтожен войсками УНР. Бригаде Котовского пришлось отступить и занять оборону по линии Журавлевка – Комаргород – Ямполь. Согласно донесению начдива 45-й Савицкого, бригада Котовского «представляет из себя жалкие, бегущие, потерявшие всякое управление остатки. Боевой силы она не представляет». Но другие советские соединения на Украине были немногим лучше.
Друг и соратник Котовского Мишка Япончик после захвата Красной Армией Одессы в начале июня 1919 года получил разрешение сформировать из одесских уголовников отряд в составе 3-й Украинской армии, затем преобразованный в 54-й имени Ленина советский революционный полк. В него вошли одесские уголовники, анархисты, а также мобилизованных студентов Новороссийского университета. Вот как происходило формирование бандитского полка.
30 мая 1919 года Япончик писал в «Известия Одесского Совета рабочих депутатов», опубликовавших опровержение насчет его службы в Одесской ЧК: ««Я, Моисей Винницкий, по кличке Мишка Япончик, приехал четыре дня тому назад с фронта, прочел в «Известиях» объявление ОЧК. В котором поносят мое доброе имя.
Со своей стороны могу заявить, что со дня существования ЧК в Одессе я не принимал никакого активного участия в его учреждении.
Относительно моей деятельности со дня освобождения меня из тюрьмы по Указу Временного правительства, до которого я был осужден за революционную деятельность на 12 лет, из которых я отбыл 10 лет, – могу показать документы, находящиеся в контрразведке, а также приказ той же контрразведки, в котором сказано, что за поимку меня обещано 100 тысяч рублей, как организатор отрядов против контрреволюционеров, только благодаря рабочим массам я мог укрываться в его лачугах, избежать расстрела.
Весной нынешнего года, когда пронесся слух о предстоящим погроме, я не замедлил обратиться к начальнику Еврейской боевой дружины тов. Кашману с предложением войти в контакт с ним для защиты рабочих кварталов от погромов белогвардейцами всеми имеющимися в моем распоряжении средствами и силами.
Я лично всей душой буду рад, когда кто-нибудь из рабочих и крестьян, отзовется и скажет, что мною был обижен. Заранее знаю, что такого человека не найдется.
Что касается буржуазии, то если мною предпринимались активные действия против нея, то этого, я думаю, никто из рабочих и крестьян не поставит мне в вину. Потому что буржуазия, привыкшая грабить бедняков, сделала меня грабителем ея, но именем такого грабителя я горжусь, и покуда моя голова на плечах, для капиталистов и врагов народа буду всегда грозой.
Как один из примеров провокации моим именем, даже при Советской власти, приведу следующий факт.