Считается, что Иванов, в отличие от других чиновников, никак не связан с бизнесом. Но так нельзя сказать о его жене. С сентября 1999 года около тати лет Ирина Иванова работала в московской компании «Солвей Фарма», которая представляет интересы международного химико-фармацевтического концерна «Солвей» (Solvay), — а именно его подразделения «Солвей Фармасыотикалз» (Solvay Pharmaceuticals). Одновременно Ирина Иванова получала деньги от компании «Алкатель» (Alcatel) — крупнейшего в мире производителя и интегратора телекоммуникационных систем со штаб-квартирой в Париже. Так, только с января по август 1999 года она получила 1 124 393 рубля (около 43 245 долларов). Гендиректор «Алкатель» (в России) Йохан Вандерплаетс не прокомментировал ситуацию. В компании отказались предоставить информацию о том, была ли Ирина Иванова их сотрудником, но сведения не опровергли.
В 2002 году десять иногородних сотрудников представительства «Солвей» числились по домашнему адресу Ивановых на улице Трехгорный Вал. Интересно, зачем? Гендиректор «Солвей Фарма» Леонид Паршенков подтвердил «Новой», что Иванова с 1999 по 2003 год работала в компании, отвечая за корпоративные финансы и отчетность, но сообщил, что ему неизвестно о фактах регистрации сотрудников по адресу Ивановых.
В ноябре 1999 г. указом президента Ельцина Сергей Иванов был назначен секретарем Совета безопасности. Во главе Совбеза Иванов курировал и разработку военной реформы, и даже выяснение отношений с олигархами. По утверждению партнера Бориса Березовского Бадри Патаркацишвили, в 2001 г. он дважды встречался с Ивановым, который предлагал освободить бывшего топ-менеджера «Аэрофлота» Николая Глушкова в обмен на отказ Березовского от политической деятельности и продажу всего его медиабизнеса, включая ИД «Коммерсант». Глушкова не освободили, а вскоре была объявлена охота и на самих Березовского и Патаркацишвили. Иванов участия в этой истории никогда не подтверждал.
28 марта 2001 года Сергей Иванов в чине генерал-лейтенанта ушел в отставку и стал первым в истории России гражданским министром обороны. Или, на армейском жаргоне, «пиджаком». Задача — реформа Вооруженных сил. Мнение большинства экспертов — справился на тройку с плюсом. При нем ассигнования на оборону выросли в 3,3 раза: Иванов не перестает ставить это себе в заслугу. Но общие расходы федерального бюджета выросли еще больше — в 4,6 раза.
Сергей Иванов заведомо не имел шансов стать любимцем армии. Его, конечно, нельзя назвать абсолютно штатским человеком. В годы своего обучения Иванов провел месяц на военных сборах под Петрозаводском, а позднее прошел парашютную подготовку в Псковской дивизии ВДВ. Работа в разведке и ФСБ — тоже не полностью гражданское занятие. Но по своему менталитету Сергей Борисович бесконечно далек от любимого в армии образа «отца-командира».
Рафинированный интеллигент, он ко всем своим подчиненным обращается по имени-отчеству и на «вы», «пьет меньше, чем надо», не ругается матом, не кричит и редко повышает голос. Неудивительно, что армейские острословы наградили своего бывшего начальника двусмысленным прозвищем «Филолог»…
В первые путинские годы Сергей Иванов напоминал тень президента, которая всегда несколько отстает от хозяина. Владимир Путин едва ли не насильно толкал армию к профессионализации, а Иванов доказывал, что это слишком дорого для страны. После 11 сентября 2001 года Иванов заявил, что даже «теоретически» не может представить возможности размещения натовских баз в странах СНГ, а Путин буквально через несколько дней благословил развертывание этих баз.
Впоследствии тень слилась с хозяином. Путин стал с удовольствием повторять вслед за Ивановым сентенции об успехах в военном строительстве. Ставить на повестку дня требования Шанхайской организации сотрудничества о выводе баз США с территории стран Средней Азии. Рассказывать о чудодейственных боеголовках, способных преодолевать американскую систему ПРО.
Это трогательное единение обусловило выдвижение Иванова на роль почти официального преемника. Один язвительный наблюдатель заметил, что нынче вся политическая борьба в России свелась к борьбе между первым (разведка) и вторым (контрразведка) главками бывшего КГБ. Как раз бывшие коллеги и попытались несколько подпортить образ Сергея Борисовича: и Генеральная, и Главная военная прокуратура вдруг стали публично разоблачать армейскую преступность, а государственные телеканалы подали трагедию Андрея Сычева как сенсацию, когда такие случаи происходят в армии чуть ли не ежедневно.