Наступила очередь Македонии. Рассказ Геродота о том, что македонцы убили персидских послов, потребовавших покорности от царя Аминты, скорее всего, является позднейшей красивой легендой. Страна была не в том положении, чтобы ее правители могли позволить себе такие вольности. И Аминта и его сын Александр должны были знать, что последует за убийством послов. Другое дело, что они могли подкупить персидских уполномоченных. «Отец истории» пишет, что Аминта не только дал персам денег, но и выдал свою дочь за знатного перса Бубара, возглавлявшего посольство. Но тем не менее македонцы подчинились Дарию. Поход Мегабиза завершился полным успехом и несколько подсластил горечь поражения от скифов.
Возвращаясь в Малую Азию, Мегабиз обратил внимание на то, как использует царский подарок Гистией. Тиран Милета развернул на пожалованных землях грандиозные работы по возведению нового города и начал разработку серебряных рудников. Мегабиз, опытный воин, грамотно оценил складывающуюся ситуацию. Прибыв в Сарды, военачальник при личной встрече объяснил Дарию все последствия деятельности Гистиея: «
Отличительной чертой Дария как правителя было то, что он умел прислушиваться к разумным советам приближенных. Его сын Ксеркс вел себя иначе, и такая самоуверенность не довела его до добра. Дарий срочно вызвал Гистиея в Сарды. Там он в очередной раз похвалил тирана Милета за спасение на Истре, объявил эллина верным другом, а затем предложил отправиться вместе в Сузы, чтобы обсудить грядущие великие свершения. Представил дело так, что отныне Гистией у него первый советник. Но чтобы окончательно усыпить бдительность хитрого тирана, сделал его своим сотрапезником, что считалось среди персов величайшей честью. Поставив сатрапом в Сардах своего брата Артафрена и назначив перса Отана преемником Мегабиза на посту командующего, Дарий в компании Гистиея отправился в Сузы.
Отан продолжил боевые действия в районе Пропонтиды. Были захвачены находившиеся на противоположных берегах Боспора Византий и Халкедон, затем персидский полководец мобилизовал флот эллинов с Лесбоса и с его помощью завоевал острова Лемнос и Имброс. После чего боевые действия в регионе на время прекратились.
Ситуация сложилась парадоксальная. Поход против скифов был провален, но во Фракии и на берегах Пропонтиды персы достигли колоссальных успехов. Это рикошетом ударило по полисам Балканской Греции, поскольку оказалась нарушена их связь с колониями в Северном Причерноморье. Возникли перебои с поставками зерна, а торговлю в регионе стали прибирать к рукам финикийские купцы. Афины, Коринф, Мегары, Милет и ряд других городов стали нести колоссальные убытки.
Подводя итоги персидским завоеваниям в Европе, Геродот делает интересное замечание относительно греков Малой Азии: «