К концу дня 24 дивизии стран Варшавского договора заняли основные объекты на территории Чехословакии. Исполняя приказ Президента ЧССР и Верховного Главнокомандующего ВС ЧССР Людвика Свободы, чехословацкая армия не оказала сопротивления.
Благодаря подпольным радиостанциям, оповестившим о вводе войск, и листовкам на улицы Чехословакии были выведены люди. Они сооружали баррикады на пути продвижения танковых колонн, распространяли листовки с обращениями к населению выйти на улицы. Неоднократно имели место нападения на советских военнослужащих, в том числе вооруженные, — в частности, танки и бронетехнику забрасывали бутылками с зажигательной смесью.
В результате этих действий погибли 11 советских военнослужащих (в том числе один офицер), было ранено и травмировано 87 (в том числе 19 офицеров). Подверглась линчеванию жена чехословацкого офицера Йозефа Беласа, советская гражданка. Выводились из строя средства связи и транспорта. По современным данным, в первый день вторжения погибли 58 граждан Чехословакии, всего в ходе вторжения было убито 108 и ранено более 500 граждан Чехословакии.
По инициативе Пражского горкома КПЧ на территории завода в Высочанах начались подпольные заседания XIV съезда КПЧ, правда, без делегатов из Словакии, не успевших прибыть. Высочанский съезд КПЧ обратился ко всем коммунистическим и рабочим партиям мира с просьбой осудить советское вторжение.
Первоначальный план Москвы предполагал арест реформаторов и создание «временного революционного правительства» из членов оппозиционной Дубчеку фракции во главе с Алоисом Индрой. Однако перед лицом всеобщего гражданского неповиновения, поддержанного решениями Высочанского съезда, и того факта, что президент Свобода категорически отказался узаконить предполагаемое правительство, Москва изменила свои намерения и пришла к выводу о необходимости договориться с законным чехословацким руководством.
23 августа в Москву вылетел Свобода вместе с вице-премьером Густавом Гусаком. 25 августа с Дубчеком и его товарищами начались переговоры, и 26 августа они завершились подписанием так называемого Московского протокола из 15 пунктов («Программа выхода из кризисной ситуации»), в целом на советских условиях. Протокол предполагал непризнание законности XIV съезда, сворачивание демократических преобразований и пребывание в Чехословакии постоянного контингента советских войск (только после этого режим военной оккупации снимался).
Дубчек смирился с необходимостью подписания протокола, фактически ликвидировавшего завоевания «Пражской весны» и ограничивавшего суверенитет Чехословакии, видя в этом необходимую цену за предотвращение кровопролития. Из этого же исходили президент Свобода, прибывший в Москву и энергично настаивавший на подписании соглашения, и член чехословацкой делегации Густав Гусак, открыто перешедший на сторону Москвы и впоследствии за это назначенный генеральным секретарем ЦК КПЧ. Из всех членов «чехословацкой делегации» (как официально стала называться эта группа) подписать протокол отказался только Франтишек Кригель. За это его попытались задержать в СССР, но Дубчек и другие члены делегации отказались вылетать без него, и Кригель был спешно доставлен в аэропорт к самолету.
События «Пражской весны» стали поводом для обвинения в их организации евреев (и в частности сионистов) — как внутри Чехословакии, так и в других странах. В документе «Уроки кризисного развития в Компартии Чехословакии…», принятом на пленуме ЦК КПЧ в декабре 1970 года, прямо указывалось на то, что главными силами контрреволюции были силы, активно выступавшие с позиции «сионизма, как одного из инструментов международного империализма».
Среди самых видных евреев-сионистов назывались Ф. Кригель, И. Пеликан, А. Лустиг. Это также подтолкнуло руководство ЦК Польской рабочей партии во главе с Владиславом Гомулкой к массовой депортации евреев из Польши, которая была проведена с молчаливого согласия советского руководства.
Операция «Дунай» — таково было кодовое наименование вторжения войск СССР и еще нескольких стран — членов Организации Варшавского договора (Болгарии, Венгрии, ГДР и Польши) в Чехословакию для вооруженного подавления реформ «Пражской весны».
25 августа 1968 года прошла одна из самых значительных акций советских диссидентов — «Демонстрация семерых». Она была проведена на Красной площади в Москве. Это был ярко выраженный протест против введения в Чехословакию вооруженных сил Организации Варшавского договора и Советской армии.
За этой демонстрацией наблюдали во многих странах. Протестующих исключали из КПСС, увольняли с работы. Но во многих странах мира мало кто знал, что изучались личные дела там, где были открытые двери «наблюдательных» палат, вместо санитаров — охранники режимного объекта, вместо лечения — пытки и галоперидол. И где за процессами развития «вялотекущей шизофрении» наблюдали очень внимательные, карательные глаза…