В конце 1794 г. и в начале 1795 г. имя Бабёфа не переставало упоминаться в полицейских рапортах, на страницах реакционной прессы, с трибуны Конвента. Так, в одном реакционном листке от 28 января 1795 г. читаем: «Вчера в кафе Шартр читались отрывки бунтовщического писания гнусного Бабёфа. Он открыто проповедует гражданскую войну, пытается поднять рабочих и предместья против Конвента, который он называет кобленцским сенатом. Согласно этому нечестивцу, австрияки заседают в Национальном дворце. Все декреты, там составленные, редактируются нашими врагами, которые платят за это хорошие деньги. Охваченные чувством справедливого негодования, шесть граждан… отправились донести на зажигательные писания этого бунтовщика, который был уже однажды присужден к двадцатилетнему заключению и который ныне находится под покровительством Фуше; Комитет общественной безопасности принял их очень хорошо и выразил свое удовлетворение по адресу патриотов, собирающихся в кафе Шартр».
29 января (10 плювиоза) вопрос о Бабёфе был поставлен в Конвенте. Тальен указал Конвенту на газету Бабёфа как на угрозу национальному представительству и обвинил Фуше в том, что он просматривает ее корректурные листы. «Вот человек, желающий гражданской войны», — заявил Тальен о редакторе «Народного трибуна» и тут же привел ряд отрывков из газеты, которые, по его мнению, могли служить доказательством преступных намерений Бабёфа. Фуше не отрицал своего знакомства с Бабёфом, подтвердил также получение им от Бабёфа рукописи брошюры, посвященной возвращению в Конвент жирондистских депутатов. «Эта брошюра, — добавил он, — не была опубликована и это достаточно говорит о том, каково было мое поведение в этом вопросе». Сношения между Фуше и Бабёфом действительно установились в течение зимы 1794/1795 г. Что было общего между трибуном народа, пламенным проповедником прав народа — Бабёфом, и Фушэ, бывшим священником, бывшим комиссаром Конвента, проконсулом Лиона и будущим министром Директории, Наполеона и самого христианнейшего короля Людовика XVIII? Не забудем, что Фуше находился в это время под смертельной угрозой. После казни Каррье, Фукье-Тенвиля и ряда других деятелей 93 года он был намечен очередной жертвой термидорианской реакции. Вожди термидора не успели еще разглядеть абсолютной беспринципности и аморальности этого человека, готового идти на службу любому режиму и любой партии. Фуше приходилось бороться. В поисках какой-либо базы он обратился к Бабёфу, должно быть не без намерения предать его в случае неудачи. Фуше находился в свое время в оппозиции робеспьеровскому режиму, и это обстоятельство, так же как и близость Фуше к Эберу, Шометту и «бешеным», делали его желанным человеком для Бабёфа. Трудно судить, пользовался ли Фуше каким-либо влиянием на Бабёфа. Нам это представляется мало вероятным. Так или иначе, Тальен сопоставил их имена в своей обвинительной речи, он изобразил их зачинщиками гражданской войны, и действительно, тон статей «Народного трибуна» становился все более и более резким. Правда, Бабёф успел выпустить всего шесть номеров газеты, но и этого было совершенно достаточно.
Полиция была поставлена на ноги для розысков Бабёфа. Начали с того, что задержали газетчиков, продававших экземпляры «Народного трибуна». При допросе некоей гражданки Анны Фремон 10 плювиоза III года республики выяснилось, что она получала газету непосредственно от Бабёфа. Этот человек лет около сорока, одетый то в редингот, то в другое платье, цвет которого она не успела запомнить. У него «задумчивый вид, лицо худое, продолговатое, он среднего роста».
№ 32 «Народного трибуна» вышел в свет 13 плювиоза, а через два дня Комитет общественной безопасности постановил арестовать Бабёфа за призыв «к восстанию, убийству и роспуску национального представительства». 19 плювиоза (7 февраля 1795 г.) полиция наконец разыскала Бабёфа. Он был арестован в каморке второго этажа, на улице Сент-Антуан. При нем нашли рукопись № 33 «Народного трибуна». Арестованный потребовал, чтобы его допрос производился каким-либо депутатом, кроме того он направил в Комитет общественной безопасности заявление, озаглавленное: «Народный трибун… №.34 и Последний», в котором пытался оправдаться от обвинения в организации восстания, подчеркивая мирный характер предлагавшейся им петиции. Его заверения были, впрочем, совершенно безрезультатны. Реакция со вздохом облегчения констатировала обезврежение опасного врага. «Арестован Бабёф, нарушитель законов и подделыватель документов, подделавший даже свое имя — Гракха, самовольно им присвоенное, — заявил в Конвенте 20 плювиоза представитель Комитета безопасности Матье, — сейчас он бессилен призывать граждан к восстанию, как он не переставал это делать весь последний месяц». Матье тут же оклеветал Бабёфа, приписав ему попытку подкупить арестовавшего его жандарма суммой в 30 тысяч ливров. Бабёф в своем заявлении Комитету общественной безопасности легко опроверг это обвинение указанием на то, что в момент ареста на его квартире было найдено всего шесть франков денег.