Почему же при вакцинации вероятность развития хронических заболеваний выше, чем при естественно возникающей болезни? Во-первых, следует обратить внимание на тот факт, что естественно возникающие болезни, за исключением бешенства, передаются воздушно-капельным путем. В ответ на проникновение инфекции в организме на начальной стадии заболевания возникает местная ответная реакция, в формировании которой принимают участие как специфические, так и неспецифические факторы местного иммунитета. Проходит несколько часов и даже дней, прежде чем чужеродный агент сможет проникнуть во внутреннюю среду организма. Специфическая местная ответная реакция заключается в выработке антител в области воздействия болезнетворного агента, а неспецифическая местная реакция — в скоплении лейкоцитов и других неспецифических факторов защиты вокруг зоны внедрения чужеродного агента. При инъекционном способе введения вакцин активизации местных факторов иммунитета не происходит, и защитная реакция реализуется только за счет общей иммунной реакции организма.
Во-вторых, при ревакцинации повторно возникает подобная ответная реакция, что в итоге приводит к чрезмерной стимуляции иммунной системы организма. В целом для организма такая сверхактивность иммунной системы не является естественной, так как при повторном воздушно-капельном соприкосновении с болезнетворным агентом местные факторы иммунитета в большинстве случаев полностью предохраняют организм от повторного развития заболевания.
В-третьих, в процессе изготовления вакцин в большинстве случаев происходит разрушение вирусов; таким образом, в организм вводятся не вирусы как таковые, а фрагменты их ДНК и РНК. В ответ на проникновение фрагментов нуклеопротеидов в иммунной системе начинается бурная продукция антител. Нуклеопротеиды относительно тождественны для всех форм жизни — именно поэтому при чрезмерной продукции антител организм в некоторых случаях может утратить способность дифференцировать чужеродные вирусные нуклеопротеиды и свои собственные. Таким образом развиваются аутоиммунные заболевания — т. е. заболевания, при которых разрушаются ткани собственного организма. В настоящее время аутоиммунные заболевания у животных возникают гораздо чаще» чем когда бы то ни было. Нельзя исключить, что одной из причин такого положения дел является именно массированная вакцинация. При естественно возникающих заболеваниях в иммунной системе организма вырабатываются антитела, направленные против поверхностных структур вируса, которые менее подобны тканям собственного организма; соответственно вероятность возникновения перекрестных реакций значительно уменьшается. Кроме того, при естественных болезнях значительная часть иммунного ответа реализуется за счет местных антител в зоне внедрения чужеродного агента.
Бактерии по сравнению с вирусами имеют намного более сложное строение; при внедрении в организм бактериальных агентов в иммунной системе продуцируются антитела, направленные в основном против антигенов клеточной стенки бактерий, а не против фрагментов нуклеопротеидов. Именно поэтому введение бактериальных вакцин (так называемых бактеринов) гораздо реже приводит к развитию аутоиммунных заболеваний. Чаще всего при повторном введении бактеринов развиваются аллергические или анафилактические реакции. Например, аллергические реакции у собак при введении комбинированной вакцины чаще всего вызываются вакциной против лептоспироза.