Выполнив задачи в этом районе, «Трешер» перешел к берегам Новой Англии для участия в кратковременных учениях, а затем прибыл на базу торпедных катеров в Кипорте. Здесь в конце августа и начале сентября на «Трешере» проводилась проверка его торпедного и минного вооружения, включая ракето-торпеды «Саброк». Здесь же «Трешер» совместно с атомными лодками «Скейт» и «Таллиби» участвовал в отработке задач поиска и преследования подводной цели.
Время от времени «Трешер» возвращался в Нью-Лондон или Портсмут, для того чтобы предоставить экипажу отдых и произвести осмотр и ремонт вооружения. В последних числах октября 1961 года «Трешер» снова вышел в море и направился к мысу Код для встречи с дизель-аккумуляторной подводной лодкой «Кавэлла» и совместного перехода к острову Пуэрто-Рико.
Во время трехнедельного перехода «Трешер» отрабатывал задачи боевой подготовки и тактику обнаружения, преследования и атаки подводных лодок противника. Утром 2 ноября «Трешер» ошвартовался в Порту Сан Хуан и выключил реактор. Для обеспечения лодки электроэнергией запустили дизель-генератор. Однако часов через семь-восемь из-за поломки вала насоса генератор остановился. Включили аккумуляторные батареи. Одновременно, учитывая ограниченную емкость батарей и большой объем работ по ремонту насоса, стали готовить к включению ядерный реактор. Однако это решение приняли слишком поздно: электроэнергии батарей было уже недостаточно ни для пуска реактора, ни для питания бытовой аппаратуры.
Примерно через десять часов после выхода из строя дизель-генератора к борту «Трешера» подошла «Кавэлла» для подачи на него электроэнергии. Вскоре реактор был пущен. В течение ночи дизель-генератор отремонтировали, и «Трешер» был готов к выходу в море. После стоянки в Сан Хуане «Трешер» вышел в море и направился к мысу Кеннеди. Проведя в этом районе дополнительные испытания, «Трешер» перешел к форту Лодердейл, где находится испытательная станция лаборатории морского оружия. Погрузив учебные ракето-торпеды «Саброк» и имея на борту специалистов по вооружению, «Трешер» вышел в море и провел практические стрельбы с целью проверки системы управления стрельбой и торпедных аппаратов. Перед рождеством «Трешер» вернулся в Портсмут.
Обычно вновь вступившие в строй атомные подводные лодки после двух-, трехмесячного плавания возвращаются на завод для тщательного осмотра и устранения обнаруженных технических неполадок. Но командир корабля Аксен настоял на том, чтобы такой осмотр был отложен на год. Он мотивировал это тем, что «Трешер» был слишком занят проведением специальных испытаний и это не позволило достаточно полно выявить тактико-технические данные корабля и недостатки его приборов и механизмов. Командование согласилось с предложением Аксена. В течение января на корабле были проведены только самые неотложные работы, а в начале февраля 1962 года он уже был готов к выходу в море для продолжения программы испытаний. «Трешер» существенно отличался от других подводных лодок, и, очевидно, поэтому каждый специалист стремился как можно более полно выявить возможности корабля в использовании тех или иных технических средств.