Таким образом, гибель «Трешера» была установлена. Поиски прекратились. Но причины гибели лодки оставались в области предположений. Чтобы попытаться установить их, нужно было тщательно исследовать покоившиеся на дне океана останки «Трешера». Но наступила осень.
Северная Атлантика становилась суровой. «Триест» после десятилетней службы нуждался в капитальном ремонте.
Расследование
10 апреля 1963 года, в день гибели «Трешера», адмирал Андерсон объявил о назначении комиссии по расследованию обстоятельств и причин гибели лодки. В состав комиссии вошли начальник военно-морской академии вице-адмирал Остин, контр-адмирал Дэспит, капитан 1 ранга Осборн — первый командир атомной подводной лодки, вооруженной ракетами «Поларис», капитан 1 ранга Хашинг — старший представитель ВМС в фирме «Электрик боут» и капитан 1 ранга Наш — командир 8-го дивизиона кораблей обслуживания. Председателем комиссии был назначен Остин.
Первое короткое заседание комиссия провела на военно-морской базе подводных сил Атлантического флота в Нью-Лондоне, все последующие — в Портсмуте, где «Трешер» строился, проходил девятимесячный капитальный ремонт и откуда он вышел в свое последнее плавание. Здесь же строились другие однотипные с «Трешером» атомные подводные лодки. Комиссия работала почти два месяца.
Комиссия заслушала показания 120 человек и рассмотрела большое число различных документов и материалов: карт, чертежей, схем, диаграмм, писем, фотографий, приказов, инструкций и т.п. Все, что могло в той или иной степени пролить свет на возможные причины гибели лодки, комиссия тщательно изучила и проанализировала. В числе опрошенных были адмиралы, офицеры, старшины и рядовые матросы ВМС, представители судостроительной промышленности, а также работники промышленных предприятий, поставлявших оборудование на «Трешер». Особое внимание было уделено показаниям первого командира «Трешера» Аксена, командира спасательного судна «Скайларк» Хеккера и его помощника Уотсона, инженеров с судоверфи, наблюдавших за ремонтом лодки, а также ответственных лиц, руководивших поиском подводной лодки, в частности капитана 1 ранга Эндрюса и командира «Триеста» капитан-лейтенанта Кича.
Первым 13 апреля дал показания капитан 3 ранга Аксен. Касаясь возможных причин гибели «Трешера», Аксен заявил, что он не в состоянии указать их, но считает, что авария могла произойти от попадания в лодку забортной воды. По мнению Аксена, вода проникла в лодку настолько быстро, что находившиеся в ней даже не смогли сообщить о случившемся на «Скайларк». Аксен сообщил, что примерно два года назад под его командованием «Трешер» выходил в район мыса Код, где должен был произвести свое первое глубоководное погружение. Однако из-за неисправности специальных измерительных приборов погружение пришлось прервать, и лодка возвратилась на базу. Аксен заявил, что в данном случае неисправными оказались только приборы, сама же подводная лодка вела себя нормально, а в последующем — отлично. Аксен подчеркнул, что под его командованием «Трешер» прошел 30 тысяч миль, причем большей частью — в подводном положении. Многочисленные испытания, которые прошла подводная лодка «Трешер», указал Аксен, свидетельствуют о том, что это была «самая лучшая торпедная подводная лодка, которую когда-либо имели ВМС США». Аксен доложил, что на «Трешере» имелись неполадки в гидравлической системе, а также в гидроакустической и радиоаппаратуре, которые, однако, были своевременно устранены. Аксен отметил, что отношения между личным составом «Трешера» и персоналом военно-морской базы Портсмута были всегда хорошими. Правда, на лодке, отметил Аксен, считали, что эти отношения должны были быть лучше, так как некоторые работы выполнялись медленно и не всегда качественно. Ссылаясь на высказывания других лиц с «Трешера», он указал, что к концу ремонтных работ на лодке эти отношения значительно ухудшились.