Первым отделился от семьи Александр. Когда умерла мать, ему было тринадцать лет. Он получил дома довольно серьезное образование. Латынь и немецкий изучал у Мюллера-Стргобинга, эмигранта, участника революции 1848 года в Берлине, английский у Гауга, участника революции в Вене в 1848 году, историю и рисование вел польский эмигрант Булевский. Русскую историю, изучение которой Герцен считал делом столь же важным, как и изучение русской литературы, преподавал сыну сам Герцен. Проявляя явные способности к естественным наукам, Александр посещал в Лондоне геологический институт — учился у известного немецкого химика Гофмана. В медицинском институте слушал лекции по сравнительной анатомии у Гранта и анатомии человека у Девиля. В 1861 году Александр Герцен окончил Бернский университет и получил степень доктора медицины. Успехи Александра радовали Герцена, он сам толкал его к естественным наукам, будучи убежден, что они способствуют выработке научного мышления, "добросовестному принятию" результатов исследований
Он воспитывал детей в уважении к декабристам, и дети в день именин Герцена в 1854 году повторили ту клятву, которую дали когда-то на Воробьевых горах их отец и Огарев. Герцен не терял надежды на возвращение сына на родину: "Везде ты иностранец, — писал он сыну в 1860 году, — в России ты один из
Герцен не считал, что сын непременно должен пойти по стопам отца, но Александр Иванович надеялся, что по пути, протоптанному родными ногами, он мог бы "дойти", например, до того, "до чего дошел один из величайших деятелей в России — доктор Пирогов". Герцен боялся увидеть в сыне будущего профессора-филистера, чуждого общественным идеям времени, чуждого интересам России. Все же самым обидным было то, что Саша, взрослея, переставал "быть русским", о чем 19 августа 1859 года Герцен с тревогой и огорчением писал Огареву. У него было даже ощущение, что "если б не самолюбие, что он — мой сын, он отвернулся бы от всего русского". С этим трудно было примириться. "Живая традиция бледнеет… Но как же принять, чтоб мои дети были швейцарскими немцами?" И Герцен всемерно пытается противостоять этому ходу вещей. 1 января 1859 года он пишет сыну письмо, которое называет своим нравственным завещанием: "Я хочу тебе, друг Саша, написать для памяти те слова, которыми мы встретили вчера Новый год. Во всем мире у Вас нет ближе лица, как Огарев, — вы должны в нем видеть связь, семью, второго отца. Это моя первая заповедь. Где бы вы ни были, случайно, средоточие вас всех — дом Огарева.