По "Делу о лицах, обвиняемых в сношениях с лондонскими пропагандистами" были привлечены тридцать два человека. Дело Чернышевского выделили в особое. Властям потребовалось почти два года, чтобы подготовить расправу с ним. Чернышевскому вменялось в вину" что он, как автор "возмутительной" прокламации "Барским крестьянам от их доброжелателей поклон", побуждал крестьян к бунту, восстанию, подавал советы, как к нему нужно готовиться… и призывал ждать сигнала. Чернышевский действительно был автором этой прокламации, но у следственной комиссии не было доказательств. III отделение пошло на изготовление подложных "записок" и "писем" Чернышевского, текст которых подготовили жандармы, а переписаны они были рукой отставного корнета Всеволода Костомарова, ренегата, старавшегося любой ценой освободиться от заключения в крепости. Костомаров продал и Чернышевского, и Михайлова, и Серно-Соловьевича. Он же подделал и почерк Чернышевского. И вот на основании этих подлогов, этих фальшивок Чернышевский был осужден на каторгу. 19 мая 1864 года в Петербурге на Мытнинской площади была инсценирована гражданская казнь Чернышевского. А 15 июня того же года в "Колоколе" появилась заметка Герцена, которая начиналась словами: "Чернышевский осужден на семь лет каторжной работы и на вечное поселение. Да падет проклятием это безмерное злодейство на правительство, на общество, на подлую, подкупную журналистику, которая накликала это гонение…" Заметка была написана Герценом сразу по получении письма, в котором очевидец рассказывал о свершившейся казни. Очевидец писал: "Чернышевский сильно изменился, бледное лицо его опухло и носит следы скорбута. Его поставили на колени, переломили шпагу и выставили на четверть часа у позорного столба. Какая-то девица бросила в карету Чернышевского венок — ее арестовали. Известный литератор П. Якушкин крикнул ему: "Прощай!" — и был арестован". Девицей, бросившей цветы Чернышевскому, была свояченица Шелгунова — М.П. Михаэлис. Очевидец отмечал, что власти наглеют: "Ссылая Михайлова и Обручева, они делали выставку в четыре часа утра, теперь — белым днем!.." Приведя в заметке это письмо своего корреспондента, Герцен заключил его словами: "Чернышевский был вами выставлен к столбу на четверть часа — а вы, а Россия на сколько лет останетесь привязанными к нему? Проклятье вам, проклятье — и, если возможно, месть!" Герцен перепечатал эту заметку на французском языке в качестве постскриптума к статье "Новая фаза в русской литературе", изданной в том же, 1864 году отдельной брошюрой. Осознание всей огромности Чернышевского, исторической роли этой сильной личности придет к Герцену несколько позже. В 1866 году в одной из лучших своих публицистических работ "Порядок торжествует!" Герцен напишет: "Стоя один, выше всех головой, середь петербургского броженья вопросов и сил… Чернышевский решился схватиться за руль, пытаясь указать жаждавшим и стремившимся, что им делать…" Пропаганда Чернышевского "дала тон литературе и провела черту между в самом деле юной Россией и прикидывающейся такою Россией, немного либеральной, слегка бюрократической и слегка крепостнической". Но и в 1864 году, когда Чернышевского еще не отделяла от Герцена Сибирь, Герцен видел его идущим в будущее. "Неужели никто из русских художников не нарисует картины, представляющей Чернышевского у позорного столба?" — вопрошает Герцен. Он полагал, что этот холст был бы поучителен для поколений — он сохранил бы в веках образ революционера и "закрепил" бы "шельмованье тупых злодеев, привязывающих мысль человеческую к столбу преступников, делая его товарищем креста". Герцену вообще в высшей степени было присуще чувство преемственности поколений, он живо ощущал связь, соединяющую прошлое, настоящее и будущее. Это чувство тем более находило питательную почву, что сам-то он стоял на стыке поколений. Декабристы были для него не историей только, но, прежде всего, фактом его собственной биографии. Но он был и современником Добролюбова, Чернышевского…
"Я многого не умел сделать, в многом жизнь запутал" — к такому нерадостному итогу пришел Герцен незадолго до смерти. Эти слова Герцена прежде всего относятся к делам семейным, он чувствовал себя виноватым перед детьми за то, что они, по существу, не имеют дома, нет у них семьи — распалась. Случилось это не сразу, не вдруг. Но случилось, и все "запутала" Наталья Алексеевна Тучкова-Огарева. Тщетно пытался Александр Иванович как-то сблизить Тучкову хотя бы с Татой — хотя бы во имя Лизы, родившейся уже от брака с Тучковой. Именно потому, что Герцен был не в силах собрать, спаять семью, воспитание детей затруднялось и одновременно становилось для него одной из главных проблем всей последующей жизни. Он так и написал сыну в 1860 году: "Для меня остались в мире две задачи: моя русская деятельность и ваше развитие".