Эти методологические ограниченности естествознания, гносеологические трудности, с которыми оно сталкивалось, не оставались не замеченными противниками материализма. В России сторонники религии, пропагандисты иррационального метода познания (начиная от православных теистов, вроде Ф. А. Голубинского, и кончая левыми славянофилами, наподобие И. В. Киреевского), спекулируя на жалобах естествоиспытателей на слабость человеческого разума, активно пропагандировали мысль о бессилии разума человека, «оставленного самому себе», т. е. без руководства религиозной верой, проникнуть в тайны мира. В литературе 30—40-х годов часто со ссылкой на позднего Шеллинга, а то и на Ф. Баадера широко популяризовалось мнение о предпочтительности перед рассудком мистического откровения, которое якобы только и может свидетельствовать о премудрости действительного творца всего сущего — бога. И. В. Киреевский, например, призывал к поискам «той неосязаемой черты, где наука и вера сливаются в одно живое разумение, где жизнь и мысль одно, где самые высшие, самые сокровенные требования духа находят себе не отвлеченную формулу, но внятный сердцу ответ» (26, II, стр. 59). Ему вторил другой философ славянофильства — А. С. Хомяков: «Общество, так же как и человек, сознает себя не по логическим путям» (43, I, стр. 20). Итак, идеологическая полемика со славянофильством, которую Герцен, Белинский и другие «западники» вели вот уже несколько лет и которая как раз резко обострилась в середине 1844 г., оказывалась прямо связанной с потребностью разобраться в методологических вопросах естественных наук.
Естественно, что в «Письмах» Герцен подверг едкой критике проповедь иррационального, мистически-интуитивного познания. Здесь содержатся слова, прямо целящие в гносеологию славянофилов: «В наше время вы встретите множество людей, придающих себе вид глубокомыслия и притом убежденных, что ясновидение выше, чище, духовнее простого и обыкновенного обладания своими умственными способностями, так, как найдете мудрецов, считающих высшей истиной то, чего словами выразить нельзя, что… до того лично, случайно, что утрачивается при обобщении словом» (9, III, стр. 177).
Аргументируя идею о безграничности сил человеческого разума, Герцен именно на этом пути мыслил себе преодоление имевшихся у многих естествоиспытателей тенденций к агностицизму. Выход из методологических трудностей науки он видел в том, чтобы ученые овладели разработанными в философии законами познания, логикой науки, диалектикой. Естествоиспытатели «употребляют логические действия, не давая себе отчета в их смысле» (9, III, стр. 103), «им мешает всего более робкое и бессознательное употребление логических форм», они «теряются в худо понятых категориях» (9, III, стр. 96, 102). Они хотели бы вообще обойтись без того, чтобы «замешивать» логические рассуждения в дело опыта, но сама практика их исследований показывает, что без категорий познание невозможно. Поскольку же «у человека для понимания нет иных категорий, кроме категорий разума» (9, III, стр. 110), а разработка этих категорий — главная заслуга Гегеля, то необходимо напрашивался вывод о том, что ученые должны обратиться к его философии. Овладев методом, «формой» науки, естествознание возведет преграду агностицизму — к такому выводу пришел Герцен.
Осознав, что «Гегелево воззрение не принято и неизвестно в положительных науках» и о его методе ученые «едва знают» [27](9, III, стр. 122), Герцен и провозгласил необходимость внедрить принципы его диалектики в науки о природе.
Однако почему именно в философии Гегеля нашел Герцен средство помочь естествознанию выйти из методологического кризиса? Насколько прав он был в этом указании? Не сказалось ли здесь всего-навсего увлечение немецким философом?
Веками билась мысль человека над разрешением казавшегося загадочным факта: если в рассудке нет ничего, чего не было бы в чувствах (а именно эту истину из века в век доказывали материалисты), то откуда берутся у человека такие понятия, как сущность, субстанция и другие? Ведь из непосредственного обобщения чувственных данных их получить нельзя.