Вообще говоря, проблематика «Писем» выходит далеко за рамки темы: «философия и естественные науки», включая ряд важных социально-политических идей. В. Г. Белинский с хорошим пониманием дела писал их автору: «…твои „Письма об изучении природы“ — вовсе не об изучении природы письма» (11, XII, стр. 296), и характеризовал их как своего рода «рамку», в которую помещены размышления на самые разные темы.
В частности, в «Письмах» нашла свое отражение та острая полемика, которую Герцен вел в эти годы со славянофильской идеологией. Положение о подчиненности истории (как и природы) единым законам разума выступало здесь в качестве теоретической основы выдвигавшейся Герценом вместе с другими «западниками» антиславянофильской идеи о единстве исторического развития всех народов. Тем самым заимствованная у Гегеля идея «одного» разума (отождествляемого при рассмотрении истории с «духом человечества») использовалась для доказательства необходимости исторического прогресса в России, отставшей в своем развитии от более передовых стран Европы. И когда автор «Писем» хвалил Сократа за то, что тот осмелился поставить «разум — выше узкой национальности; он относительно Афин стал так, как Петр I относительно Руси» (9, III, стр. 167), то здесь Герцен несомненно целил в узкий «патриотизм» славянофилов.
Или вспомним самое начало «Писем». Как бы без всякой связи с основным предметом Герцен вводил здесь тему неизбежности исторического прогресса: критикуя «безумного женевца» Руссо, не понявшего, что «храмина устаревшей цивилизации о двух дверях», и не сообразившего, что «восстановление первобытной дикости более искусственно, нежели выжившая из ума цивилизация», Герцен прямо формулировал дальше одну из самых задушевных своих идей, составлявших в совокупности концепцию философии как алгебры революции: «Мне, в самом деле, кажется, что наш образ жизни, особенно в больших городах — в Лондоне или Берлине, все равно, — не очень естествен; вероятно, он во многом изменится, — человечество не давало подписки жить всегда, как теперь; у развивающейся жизни ничего нет заветного. Знаю я, что формы исторического мира так же естественны, как формы мира физического! Но знаете ли вы, что в самой природе, в этом вечном настоящем без раскаяния и надежды, живое, развиваясь, беспрестанно отрекается от миновавшей формы, обличает неестественным тот организм, который вчера вполне удовлетворял?.. Но бог с ней, с городской жизнью! Я и не думал о ней говорить…» (9, III, стр. 92).
Говорит «не думал», а намекает достаточно прозрачно: «дверь», через которую можно спастись от «выжившей из ума цивилизации», — это социализм. В период создания «Писем» Герцен продолжал напряженно размышлять о характере будущего общественного устройства. Работая над статьей «Эмпирия и идеализм», Герцен как раз дочитывал первый том сочинений фурьериста В. Консидерана «Будущее общество»: «…хорошо, чрезвычайно хорошо, но не полное решение задачи; в широком и светлом фаланстере их тесновато, это устройство одной стороны жизни — другим неловко» (9, II, стр. 361).
Даже поверхностный просмотр «Писем» позволяет обнаружить: Герцен не раз прерывает свои «естественно-научные» рассуждения, чтобы в связи с тем или иным поводом провести определенные социально-политические идеи.
Особенно отличается в этом отношении четвертое письмо — «Последняя эпоха древней науки», — то самое, прохождение которого через цензуру чрезвычайно беспокоило Герцена. В этом письме развивалась мысль, ставшая вскоре одним из предметов очередного доноса Ф. Булгарина на «Отечественные записки». Опираясь на идею подчиненности природы и истории единым законам разума, Герцен делал такое заключение: следовательно, внешние законы — существующее право и юридические установления — ничего не значат против «мудрого», т. е. обладающего знанием передовой науки человека. Конкретно это выглядело таким образом. Рассказывая о стоиках, Герцен называет «колоссальной», «глубокой и многозначительной» их мысль о том, что «мудрый не связан внешним законом, ибо он в себе носит живой источник закона и не повинен давать отчет кому-либо кроме своей совести». Такая мысль, по Герцену, «высказывается только в те эпохи, когда мыслящие люди разглядывают обличившуюся во всем безобразии лжи несоответственность существующего порядка с сознанием; такая мысль есть полнейшее отрицание положительного права…» (9, III, стр. 193).