Оставались вопросы: кто виноват, отчего все несчастны, почему жизнь заела благородных людей — бедного лекаря, не выдержавшего схватки с немилосердной судьбой; честного, кроткого Круциферского, не способного вступить в борьбу с действительностью и, по безвыходности, пристрастившегося к зеленому змию; угасавшую на глазах сильную и самостоятельную Любоньку; Владимира Бельтова, так и не нашедшего себя, и пр. и пр. Эпиграф, вставленный Герценом в отдельное издание романа, как приложение к «Современнику» (1847), виновных, «за неоткрытием», не обнаруживал.
Вторая часть герценовского романа, который был закончен осенью 1846 года (после написанных в январе — феврале двух повестей: «Сорока-воровка» и «Доктор Крупов»), стала расширенной вариацией на заданную тему судеб трех героев. Все сочинение, по мнению автора, получило «относительную целость и внутреннюю связь». Однако временной водораздел — разные эпохи личной судьбы автора, в которых создавались отрывки, явно ощущался. Стилистическая манера Герцена, как всегда сатирически заостренная, тоже претерпела изменения. Но общая направленность романа как антикрепостнического, затронувшего и проблему бюрократического всевластия, и неизбежности краха самых возвышенных мечтаний человека об истинном деле, оставалась единой.
Вопросы семьи и брака, особенно волновавшие Герцена в ту пору, тоже не потеряли своей злободневности. Одним из проводников и выразителей этих идей выступил в повести холостяк доктор Крупов, образ которого займет немалое внимание в творчестве писателя. «Кто виноват?», будто бы провидчески, посвящался Герценом своей жене.
Целые страницы сочинения, как и опасался Герцен, бесконечно предупреждая Краевского о возможных осложнениях, — попали под нож «цензурной гильотины».
Реакционная критика обрушилась на роман. Не унимался Булгарин, не оставлял своим вниманием, науськивал (корпел над доносом в Третье отделение): «Дворяне изображены подлецами и скотами, а учитель, сын лекаря, и прижитая дочь с крепостной девкой — образцы добродетели». Глава тайной полиции Дубельт с «предосудительностью всей повести» соглашался, журнал «Сын отечества» подавал свою трактовку повести, чтобы нейтрализовать заложенный в ней идейный смысл. Ответ на вопрос представлялся очевидной банальностью: в людских трагедиях виновата одна судьба. Доносы в Третье отделение шли в своих разъяснениях дальше: «Автор — социалист, без сомнения рассчитывал, что некоторые станут вкушать вредный плод его воображения, признают виноватыми правительство и гражданский наш порядок, хотя он не выразил прямо всего его сознания».
Типичность героев романа отрицалась, особые нападки вызывал стиль герценовской беллетристики, которому несколько позже, в 1848 году, была навязана особая терминология. Шевырев в «Москвитянине» писал: «Искандер развил свой слог до чистого голословного искандеризма, как выражения его собственной личности». Этим словарем «искандеризмов» он в том же журнале открывал свой, составленный им «Словарь солецизмов, варваризмов и всяких измов современной русской литературы». Так начинала утверждаться легенда о «неполноценности» художественного творчества Искандера, бывшая последствием идейной вражды, разделившей интеллектуальное русское общество на два лагеря.
Демократическое крыло, в лице ближайших друзей, сподвижников Герцена и представителей новой писательской «волны», восприняло с воодушевлением его повесть в «Отечественных записках» с самых первых, опубликованных там глав. (Истинные баталии вокруг трактовки «лишнего человека» развернутся значительно позже, о чем будем еще иметь случай напомнить.)
Второго декабря 1845 года Некрасов просил Кетчера: «Скажи Герцену, что его повесть — поистине превосходная повесть, что лучше он никогда ничего не писывал и что, читая его повесть, так и кажется, что он только и делал весь век, что писал повести: такая ровность и ни одной фальшивой нотки».
Первого апреля 1846 года Ф. М. Достоевский писал брату Михаилу: «Явилась целая тьма новых писателей. Иные мои соперники. Из них особенно замечателен Герцен (Искандер) и Гончаров».
В первом номере «Отечественных записок» за 1846 год в статье «Русская литература в 1845 году» Белинский включал «Кто виноват?» в «ряд оригинальных произведений по части изящной прозы»: «Автор повести… как-то чудно умел довести ум до поэзии, мысль обратить в живые лица, плоды своей наблюдательности — в действие, исполненное драматического движения. Какая во всем поразительная верность действительности, какая глубокая мысль, какое единство действия… какая оригинальность слога, сколько ума, юмора, остроумия, души, чувства!..мы смело можем поздравить публику с приобретением необыкновенного таланта в совершенно новом роде».