Двадцатого июля 1844 года Герцен записывает в дневник о работе над первым письмом нового цикла «Эмпирия и идеализм»: «…кажется, хорошо, а впрочем, сначала все написанное кажется хорошо».
Двадцать седьмого июля «1-е письмо для журнала готово». Герцен собирается приняться за второе, но опасается цензуры. Еще нет решения, что новое издание, замышляемое друзьями, так и не состоится. Осенью работа продолжена. 16 ноября Герцен пишет Кетчеру, что занимается статьей «об отношении естествоведения к современной философии; идет недурно». Законченная в феврале 1845-го статья отослана Краевскому.
Вывод об органическом союзе философии и естествознания подразумевал материалистическую философию, основанную на признании объективной реальности природы. Герцен утверждал также необходимость диалектического метода в философии и естественных науках. Для данного этапа развития науки им с наибольшей мерой четкости высказано материалистическое решение вопроса об отношении мышления к бытию. Природа существует вне и независимо от сознания; попытка утвердить сознание над природой как первичное по отношению к материальному бытию — несостоятельна. В этом, как принято считать, отправное положение всех поставленных Герценом в «Письмах» вопросов, сопровождаемых критикой идеализма. Полемика с Гегелем и другими создателями философских систем и теорий предшествующих времен определила широту и злободневность его работы. Вместе с тем «Письма» выражали поиски дальнейших путей философии после Гегеля.
В конце июля Герцен пишет второе письмо — «Наука и природа — феноменология мышления», но в августе работа еще не окончена, хотя и помечена этим месяцем. Очевидно, Герцен дорабатывает обе статьи одновременно, чтобы вместе отправить их в «Отечественные записки». Он начинает письмо с определения науки и с общего обзора ее развития, формулирует важную мысль: «Дело науки — возведение всего сущего в мысль». Для Герцена философская наука — это «живой организм, которым раскрывается истина».
Осенью 1844 года Герцен трудится над третьей статьей, озаглавленной «Греческая философия». 8 февраля следующего года, отослав два первых письма Краевскому, отмечает в дневнике: «Занимался третьим; кажется, изложение греческих философов удачно, особенно софистов и Сократа».
К четвертому письму — «Последняя эпоха древней науки», Герцен приступает в декабре 1844 года, а 29 мая следующего, 1845-го, извещает Краевского о посылке ему «Письма» о «Риме» и просит охранить от попыток «кастрирования», подразумевая цензурные придирки.
Двенадцатого июня 1845 года, когда письмо пятое «Схоластика» «о средневековой философии» было готово, Герцен пишет Краевскому, пытаясь отвести упреки в сложности языка: «…стараюсь теперь всеми силами, чтоб изложение новой философии сделать как можно популярнее: все обвиняют в темноте мои статьи. Тем более постараюсь, что у меня образовался совершенно особый взгляд…»
В июне 1845 года Герцен, работая над шестым письмом — «Декарт и Бэкон», «знакомится ближе с Бэконом». О готовности письма об англичанине Бэконе и французе Декарте сообщает издателю: «…мне кажется, оно удачнее всех других, и знаю одно, что тот взгляд, который тут развит, не был таким образом развит ни в одной из современных историй философии».
Герцен предполагает, начиная шестое письмо в июне 1845-го, дать в нем изложение систем Декарта и Бэкона одновременно, но потом решает посвятить Бэкону и его школе специальную работу. Роль Бэкона в соединении естествознания и философии велика, и Герцен ее очень ценит. В августе письмо седьмое «Бэкон и его школа в Англии» уже окончено.
Очевидно, что Герцен, работая над последней, восьмой статьей «Реализм» в августе — сентябре 1845 года, имел намерение разделить ее на две части. Предварительно хотел написать о реализме в Англии и во Франции отдельно, но от намерения отказался. 27 сентября написал Краевскому: «Письмо о Локке, Юме и энциклопедистах готово». Дорабатывал ее Герцен еще несколько месяцев, до конца года.
Для характеристики основных направлений в философии Герцен употребляет термины: «идеализм», «материализм», «реализм». «Реализм», по Герцену, основан на признании объективности реального мира природы и противопоставлен «идеализму», то есть, по существу, обозначал материалистическое мировоззрение.
Все «письма» на протяжении 1845–1846 годов печатались в «Отечественных записках». Белинский, как всегда, следивший за творческим развитием Искандера, хотя и упрекал друга в трудностях языка, в обзоре «Взгляд на русскую литературу 1846 года» среди «интересных статей ученого содержания» на первое место ставил седьмое и восьмое «Письма об изучении природы».
«Замечательного мыслителя», крупнейшего «представителя нашего умственного движения» в дальнейшем заметит Чернышевский (знакомящийся в 1840-е годы с его сочинениями) и узнают другие деятели из демократического лагеря. Сторонники и противники герценовских воззрений будут спорить об основных постулатах труда, а марксисты, как сказано, возьмут его на вооружение.