Ещё когда они вдвоём планировали десантную операцию на Босфор, Корнилов предлагает Меншикову убрать Нахимова с эскадры, назначив его командиром Севастопольского порта. Эскадру на Босфор Корнилов хотел вести сам. Начальник штаба флота мечтал о личной победе. Именно поэтому он, бросив всё на пароходофрегате, мчится к Синопу, чтобы успеть вступить в командование эскадрой до начала сражения. Но опаздывает. Нахимов уже победитель. И его имя, а не Корнилова, отныне занесено в скрижали истории. Но Корнилов не успокаивается. Всю жизнь он мечтал о подвиге, а потому вновь хочет выйти во главе флота, теперь уже на бой с англичанами и французами. И лишь «холодный душ» Меншикова возвращает его к реальности. Именно затопление кораблей на входе в бухту меняет Корнилова. От былого байроновского романтизма не остаётся и следа. Всё мелкое, наносное как-то сразу отступает в нём прочь, оставляя место лишь самому главному — желанию во что бы то ни стало отстоять Севастополь, защитить от врага эту малую, но святую для него пядь отеческой земли.
Именно в Севастополе Корнилов обретёт свою славу, уже совершенно не заботясь о ней. Здесь он примет смерть и станет бессмертным.
«…Будем держаться до последнего. Отступать нам некуда — сзади нас море. Всем начальникам я запрещаю бить отбой; барабанщики должны забыть этот бой. Если кто из начальников прикажет бить отбой, заколите такого начальника, заколите барабанщика, который осмелится ударить позорный бой. Товарищи, если бы я приказал ударить отбой, не слушайте, и тот подлец будет из вас, кто не убьёт меня…» — Из обращения В.А. Корнилова к гарнизону Севастополя.
Роковую весть о смерти друга Нахимов узнал, когда неприятельский огонь уже начал слабеть. Вечером его видели у гроба Корнилова. Не стесняясь своих слёз, Нахимов плакал и целовал павшего товарища.
Из рассказов капитан-лейтенанта Асланбекова: «Нахимов, узнав о гибели Корнилова, поехал проститься с ним и, войдя в зал, где лежало его тело, стал целовать мёртвого Корнилова и горько плакать».
По распоряжению Нахимова останки Корнилова погребли во Владимирском соборе подле могилы Лазарева. Глядя, как опускают гроб, Нахимов сказал:
— Здесь хватит места ещё на одного. Этим третьим буду я!
Как отмечают современники, вице-адмирал не желал пережить обороны Севастополя, твёрдо решив погибнуть здесь, но не отступить…
Теперь их, тех, кто с самого начала вдохновлял немногочисленный гарнизон, тех, в кого истово верили защитники черноморской твердыни, осталось всего лишь двое: Нахимов и Истомин. Им двоим отныне приходилось рассчитывать лишь на себя, ибо князь Меншиков (метко прозванный матросами «анафемой»), похоже, вообще махнул на Севастополь рукой.
Из письма Меншикова военному министру В. Долгорукову: «Севастополь падёт в обоих случаях: если неприятель, усилив свои средства, успевает занять бастион № 4, и также если он продлит осаду, заставляя нас издерживать порох. Пороху у нас хватит только на несколько дней…»
Однако севастопольцы думали иначе! Главная власть в городе после смерти Корнилова как-то сама собой перешла к Нахимову. Он создаёт новые бастионы, занимается снабжением и организацией огня, формирует морские батальоны, вникая всегда в каждую мелочь.
Тем временем Меншиков проиграл союзникам ещё одно сражение, на этот раз при Инкермане. А Севастополь продолжает держаться.
2 марта 1855 года Нахимов, бывший до сих пор официально лишь помощником начальника гарнизона, наконец-то стал командиром Севастопольского порта и военным губернатором города. Меж тем каждый день обстрелов уносил всё новые и новые жизни.
7 марта защитников города постиг тяжёлый удар — погиб от попадания ядра в голову бессменный комендант Малахова кургана контр-адмирал Владимир Иванович Истомин. Нахимов тяжело переживает смерть ещё одного своего верного соратника. В письме к его брату Константину он пишет: «Общий наш друг Владимир Истомин убит неприятельским ядром; Вы знали наши дружеские с ним отношения, и потому я не стану говорить о своих чувствах, о своей глубокой скорби при вести о его смерти. Спешу Вам только передать об общем участии, которое возбудила во всех потеря товарища и начальника, всеми любимого. Оборона Севастополя потеряла в нём одного из своих главных деятелей, воодушевлённого постоянно благородною энергиею и геройской решимостью… Даже враги наши удивляются грозным корниловским бастионам. Посылаю Вам кусок георгиевской ленты, бывшей на шее у покойного в день его смерти, сам же крест разбит вдребезги.
По единодушному желанию всех нас, бывших его сослуживцев, мы погребли тело его в почётной и священной могиле для черноморских моряков — в том склепе, где лежит прах незабвенного адмирала Михаила Петровича и первая, вместе высокая жертва защиты Севастополя — покойный Владимир Алексеевич. Я берёг это место для себя, но решил уступить ему…»