Теперь уже Дарий никак не мог не отомстить «непокорным подданным». В 490 году до н. э. от берегов Малой Азии двинулась через Эгейское море на Грецию карательная экспедиция. На кораблях находилось приблизительно двадцатитысячное войско, небольшое по персидским масштабам: царь счел, что этих сил достаточно для победы. Возглавлял поход молодой племянник Дария Артаферн (сын сатрапа Артаферна), но фактическое руководство находилось в руках опытного военачальника Датиса. Вместе с ними плыл и Гиппий.
Прибыв к Эвбее, первым делом персы расправились с Эретрией: город был взят и полностью разрушен, а жители — поголовно (кроме спасшихся бегством) увезены в Персию в рабство. Затем каратели высадились на территории афинского полиса — на северо-востоке Аттики, близ местечка Марафон (в 42 километрах от Афин). Навстречу им выступило ополчение афинян, которым командовал полководец Мильтиад. До того он был тираном на полуострове Херсонес Фракийский под ахеменидским владычеством и хорошо изучил военную организацию и тактику персов.
Афинян было не более десяти тысяч, но при Марафоне они одержали блестящую победу над двукратно превосходящими силами противника. Греческая фаланга с честью выдержала проверку на прочность, показала себя самым эффективным для того времени способом построения войск. Поразительно, что со стороны греков в сражении погибли лишь 192 бойца (имена их были сохранены в памяти благодарных потомков), тогда как потери персов составили более шести тысяч. Развеяв миф о непобедимости персов, битва при Марафоне в огромной степени подняла боевой дух афинян и впоследствии стала символом величия Афин. До наших дней на Марафонском поле сохраняется могильный холм — памятник павшим в битве афинским воинам.
Для греков Марафон был, бесспорно, великой победой. Но для Ахеменидов он отнюдь не был великим поражением, которое заставило бы их отказаться от захватнических планов в отношении Эллады. Напротив, персы теперь жаждали реванша. Дарий воспринял разгром персидского отряда как личную обиду и начал готовить новый поход на греков. На этот раз речь шла уже о полномасштабной армии вторжения, которая должна была подавить противника своей численностью, пройтись по непокорной стране огнем и мечом. К счастью для Греции, подобная акция не могла быть осуществлена немедленно; требовалось немалое время, чтобы собрать воинские контингента из различных частей огромной Персидской державы.
Дарий же через несколько лет скончался, а вступивший на престол его сын Ксеркс (486–465) должен был затратить довольно значительное время на упрочение своей власти и подавление мятежей, вспыхнувших в окраинных областях Персии, как обычно случалось при переходе власти от одного царя к другому. Греки получили десятилетие мирной передышки. Было чрезвычайно важно правильно использовать эти годы: предугадать основные направления и характер грядущего удара и достойно подготовиться к нему.
В Афинах основным предметом разногласий стал способ отражения врага. Многие афиняне под влиянием победы при Марафоне возлагали упования на сухопутные вооруженные силы, прежде всего на гоплитскую фалангу. Именно на этих позициях стоял Мильтиад. Впрочем, дни славы марафонского победителя были сочтены: афинским гражданам показалось, что он слишком кичится своим военным успехом. Мильтиад оказался в опале, даже попал под суд и был приговорен к крупному штрафу, а вскоре после этого умер от старой раны, полученной в одном из походов. Его политическим преемником стал Аристид, славившийся своей безупречной справедливостью и неподкупностью.
Главным сторонником иной точки зрения выступал молодой, но исключительно талантливый и популярный политик Фемистокл. Он лучше, чем кто-либо другой, сознавал: сколько ни укрепляй сухопутное войско, оно все равно окажется бессильным перед колоссальной армадой, чьего вторжения в Элладу ожидали с году на год. Спасение могли принести только действия на море. Фемистокл призывал создать в Афинах по-настоящему мощный, многочисленный и боеспособный флот. В конце концов именно это мнение возобладало.
Подготовка к отражению удара персов велась не только на внутреннем афинском, но и на общегреческом уровне. С востока приходили все более тревожные вести: Ксеркс, укрепив свое положение на троне, приступил к выполнению завета отца — стал собирать воинские контингента со всех концов своей обширной державы для грандиозного похода на Балканскую Грецию. Угроза гибели нависала над всей Элладой, и многие полисы начали наконец осознавать необходимость совместных действий. Правда, в ряде греческих городов продолжали преобладать «пораженческие» настроения, однако, к счастью, не они определяли теперь общую позицию эллинов.