После патрулирования в Балтийском и Северном морях в октябре 1939 г. учебные подлодки U 1 – U 7 вернулись в школу подводников в Ноесштадт. U 8 была передана в спецшколу Абвера в Готенхафене для использования в морских операциях и остальные лодки ( U 9, U 14, U 17 и U 18) с октября 1939 г. и до конца года были включены во вновь сформированную учебную флотилию в Данциге.
17 октября 1939 г. произошли организационные изменения в структуре руководства подводного флота. Дёниц был назначен командующим подводным флотом Германии. Восточный отдел подводного флота после захвата Полыни был ликвидирован 19 сентября. Для обучения и подготовки кадров подводников на Балтийском море была создана специальная организация под названием BdUorg, которую возглавил капитан фон Фридебург. Он был командирован на подводный флот в 1938 г. и должен был после освоения новой специальности и службы на подлодке U 26 заменить Дёница на посту командующего. Дёница планировалось назначить на более высокий пост, однако с началом войны стало ясно, что оперативное руководство подводным флотом должно остаться за ним.
После расширения зоны военных действий значительно увеличилась и боевая активность подлодок II серии вблизи восточного побережья Англии и в Хофдене. Здесь вели боевую работу подлодки U 9, U 13,U I4.U 18 – U 23,U 57-U 59, U 61. В период с 6 января по 11 февраля 1940 г. было потоплено 26 торговых судов общим водоизмещением 61 951 р. т., а также эсминец «Exmouth».
Для операции «Нордмарк» была подготовлена ударная группа из линкоров «Scharnhorst» и «Gneisenau» а также тяжелого крейсера «Hipper» и двух эсминцев. В группу сопровождения вошли подлодки U 9,U 14, U 22- 23, U 57, U 61 и U 63. Операция прошла с 18 по 20 февраля 1940 г. в Шетладнском и Норвежском проливе. Во время рейда больших военных кораблей против транспортного конвоя между Англией и Норвегией успеха достигнуть не удалось. А вот подводные лодки потопили 10 транспортов общим водоизмещением 31604 р.т. и эсминец «Daring».
В других операциях в феврале-марте 1940 г. в районе Гросс Саид и в Хофдене U 10, UI4, U 17 и U 20 потопили 10 торговых судов (суммарным водоизмещением 22 812 р.т.). Напротив, активное использование подлодок II серии против скоплений вражеских подлодок в Северном море не привело к успеху. Подлодки U 7,9,20, 23,24, 56,59 в Северном море и U 1 – 4 у южного побережья Норвегии действовали без успеха. Только U 19 и U 57 потопили у восточного побережья Англии пять торговых судов общим водоизмещением 11259 р.т.
В начале апреля 1940 г. все боеспособные подлодки были мобилизованы для операции «Везерюбунг» ( оккупация Дании и Норвегии). Они вышли в море с секретными пакетами, которые должны были вскрыть после получения закодированного сигнала. Для подлодок II серии были предусмотрены следующие боевые группы:
Группа 3 (район Берген, Норвегия) U 9,14.56,60,62